| BIND |
Biomolecular Interaction Network Databaseの略称。
文献情報より構築された、生体分子（タンパク質、DNA、RNA、低分子化合物など）間相互作用のデータベースの1つ。
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| CAGE |
Cap Analysis Gene Expressionの略称。
mRNAの5'末端から20塩基前後のタグを大量に効率よくシークエンスする方法。CAGEタグ配列を解析することにより、発現の有無だけでなく、転写開始点の情報が得られる。
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| CAGEタグ |
CAGE実験により得られた、mRNAの5'末端から20/21塩基の配列。
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| cDNA |
complementary DNAの略称。
DNAやRNAを鋳型として作られた、相補的な配列のDNA。一般的にはmRNAを鋳型として実験的に作られたものをさすことが多い。
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| CTSS |
CAGEタグをゲノム上にマッピングしたときの5'末端の位置データ。
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| Ct値 |
Threshold cycleの略称。
PCR増幅産物量が、閾値（Threshold）に達したときのサイクル数。Ct値が小さいほど鋳型DNA量が多いことを意味する。
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| DDBJ |
DNA Data Bank of Japanの略称。
日本のCIB(Center for Information Biology)/DDBJ、欧州のEBI/EMBL、米国のNCBI/GenBankとの連携のもと「DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベース」を構築している三大国際 DNA データバンクの1つ。
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| EMBL |
European Molecular Biology Laboratory の略称。
欧州のEBI(European Bioinformatics Institute)/EMBL、日本のCIB/DDBJ、米国のNCBI/GenBankとの連携のもと「DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベース」を構築している三大国際 DNA データバンクの1つ。
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| Ensembl |
EBI(European Bioinformatics Institute)とSanger Instituteの共同プロジェクトによって開発されている、真核生物ゲノムのアノテーションデータベース。Ensemblのサイトからは、豊富なゲノムアノテーション情報へのアクセスと、その可視化ツールを利用したサービスが提供されている。
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| EntrezGene |
NCBI(National Center for Biotechnology Information)が提供する、遺伝子に関する情報を統合化したデータベース。2005年4月にLocusLinkを継承した。
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| GenBank |
米国のNCBI(National Center for Biotechnology Information)/GenBank、日本のCIB/DDBJ、欧州のEBI/EMBLとの連携のもと「DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベース」を構築している三大国際 DNA データバンクの1つ。
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| GO |
Gene Ontologyの略称。
Gene Ontology Consortiumによって標準化された、遺伝子産物の「biological process」、「cellular component」、「molecular function」に関する語彙・概念の関係性を構造化したもの（オントロジー）。
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| HPRD |
Human Protein Reference Databaseの略称。
文献情報より構築された、ヒトタンパク質データベースの1つ。ドメインアーキテクチャ、翻訳後修飾、相互作用ネットワーク及び疾患情報が収集されている。
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| InterPro |
EBI(European Bioinformatics Institute）が提供する、タンパク質のファミリー、ドメイン、機能部位に関するモチーフ・ドメインの統合データベース。PROSITE、Pfam、PRINTS、ProDom、TIGRFAMs、SMARTなどの様々なデータベースを統合化している。
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| MINT |
Molecular Interactions Databaseの略称。
文献情報より構築された、生体分子(タンパク質、RNA、DNA)間相互作用のデータベースの１つ。
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| OMIM |
Online Mendelian Inheritance in Manの略称。
NCBI(National Center for Biotechnology Information)が提供する、ヒト遺伝子変異と遺伝病に関する代表的なデータベース。Johns Hopkins大学 McKusick博士の著書「Mendelian Inheritance in Man」のオンライン版。
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| PPI |
Protein-Protein Interactionの略称。
タンパク質間相互作用を意味する。
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| qRT-PCR |
quantitative Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reactionの略称。
PCR中のDNA量を蛍光強度によりリアルタイムにモニタリングすることで、鋳型DNAの定量を行うことが可能である。ここではmRNAから逆転写反応によって合成されたcDNA量を測定することで、元のmRNA量を測定している。
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| RefSeq |
NCBI Reference Sequencesの略称。
NCBI(National Center for Biotechnology Information)が提供する、DNA、RNA、タンパク質の代表配列のデータベース。
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| RNAi |
RNA interferenceの略称。
RNA干渉。細胞に導入された二本鎖RNAが、それと相補的な配列を持っている標的mRNAの機能を抑える現象のこと。
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| siRNA |
small interfering RNAの略称。
RNAi現象を起こす21-23塩基の二本鎖RNAの総称。
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| TSS |
転写開始位置を特定するためにCAGEタグをゲノム上にマッピングし、さらに重複した配列を統合した領域。
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| UCSC Genome |
UCSC(University of California, Santa Cruz)が公開しているゲノムのアノテーションデータベース。STSマーカー、EST、遺伝子、mRNA、SNPsなどが配列上にマップされている。
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| UniProt |
Universal Protein Resourceの略称。
Swiss-Prot、TrEMBL、PIRを統合したタンパク質のデータベース。生物種、機能、ドメイン、配列情報などが体系的にアノテーション付けされている。
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| Y2H |
Yeast Two-Hybridの略称。
タンパク質間相互作用を解析する方法の１つ。酵母の転写因子Gal4のDNA結合ドメインと融合させたタンパク質(Bait)、Gal4の転写活性化ドメインと融合させたタンパク質(Prey)とを酵母内で共発現させる。BaitとPreyが相互作用をすれば、Gal4のDNA結合ドメインと転写活性化ドメインが近接し、Gal4のDNA結合領域下流のレポーター遺伝子の転写が活性化される。レポーター遺伝子の発現量によって、相互作用の有無を確認することができる。
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