GENOME NETWORK PROJECT
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ゲノムネットワークプラットフォーム  
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用語の解説
BIND Biomolecular Interaction Network Databaseの略称。
文献情報より構築された、生体分子(タンパク質、DNA、RNA、低分子化合物など)間相互作用のデータベースの1つ。
CAGE Cap Analysis Gene Expressionの略称。
mRNAの5'末端から20塩基前後のタグを大量に効率よくシークエンスする方法。CAGEタグ配列を解析することにより、発現の有無だけでなく、転写開始点の情報が得られる。
CAGEタグ CAGE実験により得られた、mRNAの5'末端から20/21塩基の配列。
cDNA complementary DNAの略称。
DNAやRNAを鋳型として作られた、相補的な配列のDNA。一般的にはmRNAを鋳型として実験的に作られたものをさすことが多い。
CTSS CAGEタグをゲノム上にマッピングしたときの5'末端の位置データ。
Ct値 Threshold cycleの略称。
PCR増幅産物量が、閾値(Threshold)に達したときのサイクル数。Ct値が小さいほど鋳型DNA量が多いことを意味する。
DDBJ DNA Data Bank of Japanの略称。
日本のCIB(Center for Information Biology)/DDBJ、欧州のEBI/EMBL、米国のNCBI/GenBankとの連携のもと「DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベース」を構築している三大国際 DNA データバンクの1つ。
EMBL European Molecular Biology Laboratory の略称。
欧州のEBI(European Bioinformatics Institute)/EMBL、日本のCIB/DDBJ、米国のNCBI/GenBankとの連携のもと「DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベース」を構築している三大国際 DNA データバンクの1つ。
Ensembl EBI(European Bioinformatics Institute)とSanger Instituteの共同プロジェクトによって開発されている、真核生物ゲノムのアノテーションデータベース。Ensemblのサイトからは、豊富なゲノムアノテーション情報へのアクセスと、その可視化ツールを利用したサービスが提供されている。
EntrezGene NCBI(National Center for Biotechnology Information)が提供する、遺伝子に関する情報を統合化したデータベース。2005年4月にLocusLinkを継承した。
GenBank 米国のNCBI(National Center for Biotechnology Information)/GenBank、日本のCIB/DDBJ、欧州のEBI/EMBLとの連携のもと「DDBJ/EMBL/GenBank 国際塩基配列データベース」を構築している三大国際 DNA データバンクの1つ。
GO Gene Ontologyの略称。
Gene Ontology Consortiumによって標準化された、遺伝子産物の「biological process」、「cellular component」、「molecular function」に関する語彙・概念の関係性を構造化したもの(オントロジー)。
HPRD Human Protein Reference Databaseの略称。
文献情報より構築された、ヒトタンパク質データベースの1つ。ドメインアーキテクチャ、翻訳後修飾、相互作用ネットワーク及び疾患情報が収集されている。
InterPro EBI(European Bioinformatics Institute)が提供する、タンパク質のファミリー、ドメイン、機能部位に関するモチーフ・ドメインの統合データベース。PROSITE、Pfam、PRINTS、ProDom、TIGRFAMs、SMARTなどの様々なデータベースを統合化している。
MINT Molecular Interactions Databaseの略称。
文献情報より構築された、生体分子(タンパク質、RNA、DNA)間相互作用のデータベースの1つ。
OMIM Online Mendelian Inheritance in Manの略称。
NCBI(National Center for Biotechnology Information)が提供する、ヒト遺伝子変異と遺伝病に関する代表的なデータベース。Johns Hopkins大学 McKusick博士の著書「Mendelian Inheritance in Man」のオンライン版。
PPI Protein-Protein Interactionの略称。
タンパク質間相互作用を意味する。
qRT-PCR quantitative Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reactionの略称。
PCR中のDNA量を蛍光強度によりリアルタイムにモニタリングすることで、鋳型DNAの定量を行うことが可能である。ここではmRNAから逆転写反応によって合成されたcDNA量を測定することで、元のmRNA量を測定している。
RefSeq NCBI Reference Sequencesの略称。 NCBI(National Center for Biotechnology Information)が提供する、DNA、RNA、タンパク質の代表配列のデータベース。
RNAi RNA interferenceの略称。
RNA干渉。細胞に導入された二本鎖RNAが、それと相補的な配列を持っている標的mRNAの機能を抑える現象のこと。
siRNA small interfering RNAの略称。
RNAi現象を起こす21-23塩基の二本鎖RNAの総称。
TSS 転写開始位置を特定するためにCAGEタグをゲノム上にマッピングし、さらに重複した配列を統合した領域。
UCSC Genome UCSC(University of California, Santa Cruz)が公開しているゲノムのアノテーションデータベース。STSマーカー、EST、遺伝子、mRNA、SNPsなどが配列上にマップされている。
UniProt Universal Protein Resourceの略称。
Swiss-Prot、TrEMBL、PIRを統合したタンパク質のデータベース。生物種、機能、ドメイン、配列情報などが体系的にアノテーション付けされている。
Y2H Yeast Two-Hybridの略称。
タンパク質間相互作用を解析する方法の1つ。酵母の転写因子Gal4のDNA結合ドメインと融合させたタンパク質(Bait)、Gal4の転写活性化ドメインと融合させたタンパク質(Prey)とを酵母内で共発現させる。BaitとPreyが相互作用をすれば、Gal4のDNA結合ドメインと転写活性化ドメインが近接し、Gal4のDNA結合領域下流のレポーター遺伝子の転写が活性化される。レポーター遺伝子の発現量によって、相互作用の有無を確認することができる。
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