ゲノムネットワークプロジェクト

個別生命機能の解析
研究課題 SETドメイン分子によるゲノムネットワーク構築と生命機能制御
研究期間 平成18年度〜20年度
研究課題代表者 眞貝 洋一
所属機関 京都大学 ウイルス研究所
研究目的 体機能をネットワークという観点から理解することにおいて、各細胞のヒストン化学修飾情報(ヒストンコード)をゲノムワイドレベルでモニタリングすることが強く求められている。そこで、まだ機能が明らかにされていないヒストンメチル化酵素・SETドメイン分子に焦点を絞り、この分子がどのようなヒストンメチル化コードをどのようなクロマチン領域に封印するのかをゲノムワイドで解明し、どのようなクロマチン生命現象を制御しているのか、さらに生体内のどのような生命機能を制御するのかをモデルマウスを作成・解析することで明らかにする。
研究概要 まだ機能が明らかにされていない幾つかのSETドメイン分子に焦点を絞り、1)これらの分子の生化学的解析ならびに特異抗体を用いたゲノムワイドなChIP-Chip解析を展開する 2)ノックアウトマウスを作成し、生体内におけるSETドメイン分子の役割、ヒストンメチル化コードの意味を明らかにする。
研究成果 SETドメイン分子の1つESET/SETDB1(H3K9メチル化酵素)の標的遺伝子を検索するために、抗SETDB1抗体を用いたChIP-chip解析をマウスの全ゲノムに対して行った。その結果、SETDB1の標的遺伝子の多くは片アリール特異的な発現制御を受ける遺伝子、例えばインプリント遺伝子であった。
データ種別 ChIP-chip 解析データ、 PPI(IVV)データ
対象生物 マウス
組織・細胞株 ・whole embryo
・stem cell/TT2(ES cell)
対象遺伝子 ESET ,PRDM
実験情報 アレイ名称:Affymetrix Mouse Tiling Array 2.0R
抗体名:Anti-ESET (upstate), Anti-H3K4me2 (27A6 木村宏先生作製)
産出データ
(ダウンロード)
・マウスG9a-K0 ES細胞でのH3K4me2
・マウス胎生13日胚のESET結合部位(未公開)
XMLデータ -
研究論文・特許出願・
学術発表など
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PUBLICATION ID:1796
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 国際シンポジウム「 DecodingEpigenetic Code」
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2008-12-15
TITLE: Histone methylation and epigenetic gene regulation
STATUS: Accepted
AUTHOR NAME: Toshiyuki Matsui, Yoichi Shinkai
AUTHOR AFFILIATION: Institute for Virus Research and Grad. School of Biostudies, Kyoto University

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PUBLICATION ID:1797
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会 合同大会(BMB2008)
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2008-12-09
TITLE: Function and Regulation of Histone Lysine Methylation
STATUS: Accepted
AUTHOR NAME: Yoichi Shinkai
AUTHOR AFFILIATION: Institute for Virus Research, Kyoto University

その他
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