ゲノムネットワークプロジェクト

個別生命機能の解析
研究課題 ヒトゲノムのクロマチン転写ユニットの網羅的解析とその応用
研究期間 平成18年度〜20年度
研究課題代表者 太田 力
所属機関 国立がんセンター研究所
研究目的 ゲノムDNAは細胞核内では浮遊して存在しているのではなく、核内構造体(核マトリックス等)に一部のDNA領域を結合させた状態で存在することが知られている。最近、この構造体付着DNA部分はクロマチンの“足場”として機能していることに加えて、足場と足場の間に存在する複数の遺伝子は一つの独立した転写調節単位(転写ユニット)として高次構造的な発現調節(DNAのねじれやDNA/ヒストンの修飾を介した調節)が行われていることが示唆されはじめている。
研究概要 本研究課題においては,ポストゲノムシークエンス研究としてこの“足場DNA”の網羅的な検索を行い>,ゲノム上における複数の遺伝子を含む転写ユニットの情報を得ることを目指す。
研究成果 HeLa細胞をモデルとして“足場DNA”のライブラリーを作成し、約30,000種類のクローンを解析した。その内、約12,000種類がゲノム上にマップすることができた。
データ種別 DNA Sequence data
対象生物 ヒト
組織・細胞株 HeLa細胞
対象遺伝子 -
実験情報 足場DNAは細胞核を抽出した後、DnaseIや界面活性剤等の処理を行い、不溶性となった分画(核マトリックス画分)からDNAを抽出し、プラスミドに連結させ、ライブラリーを作製し、その塩基配列を解読した。
産出データ
(ダウンロード)
足場DNAの塩基配列
XMLデータ -
研究論文・特許出願・
学術発表など
------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1529
PUBLICATION TYPE: journal
PUBLICATION NAME: Cancer Research
ARTICLE TITLE: Loss of Keap1 Function Activates Nrf2 and Provides Advantages for Lung Cancer Cell Growth
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2008-03-01
TITLE: Loss of Keap1 Function Activates Nrf2 and Provides Advantages for Lung Cancer Cell Growth
STATUS: Published
AUTHOR NAME: Tsutomu Ohta1*, Kumiko Iijima1,2, Mamiko Miyamoto1, Izumi Nakahara1,2, Hiroshi Tanaka2, Makiko Ohtsuji3,4, Takafumi Suzuki3,4, Akira Kobayashi3,4, Jun Yokota5, Tokuki Sakiyama1, Tatsuhiro Shibata6, 7, Masayuki Yamamoto3,4 and Setsuo Hirohashi6
AUTHOR AFFILIATION: 1Center for Medical Genomics, 5Biology Division, 6Pathology Division, 7Cancer Genomics Project, National Cancer Center Research Institute, 5-1-1 Tsukiji Chuo-ku, Tokyo 104-0045, Japan, and 2Department of Computational Biology, Tokyo Medical and Dental University, Tokyo, Japan, and 3Center for TARA and JST-ERATO Environmental Response Project, University of Tsukuba, 1-1-1 Tennoudai, Tsukuba 305-8577, Japan, and 4Department of Medical Biochemistry, Tohoku University Graduate School of Medicine, 2-1 Seiryo-cho, Aoba-ku, Sendai 980-8575, Japan

その他
btn_close02_j.gif