ゲノムネットワークプロジェクト

個別生命機能の解析
研究課題 糖尿病に関連した転写調節因子に対する遺伝子ネットワークの探索
研究期間 平成16年度〜18年度
研究課題代表者 加藤 規弘
所属機関 国立国際医療センター研究所
研究目的 ヒトでは酵母などと異なり、プロモーター領域以外にも転写因子の結合配列が存在するため、転写調節領域をゲノム規模で解析する有効な手法が現状では存在しない。研究課題代表者は、結合配列の系統的かつ効率的な同定を可能とする新しいシステムの開発に成功し、それを糖尿病に関連する3つの主要な転写因子の機能的解析に活用する。in vitroとin vivoの実験系を併用して、分子レベルの転写因子-DNA間の相互作用から、細胞レベル、個体レベルの二次的な発現変動までを含む、糖尿病関連の転写因子に関する統合的なゲノムネットワーク解析を目的とする。
研究概要 本研究により得られた知見に基づいて高精度な転写因子結合配列の予測アルゴリズムの作成も試みる。これまでに、ヒトゲノムとラットゲノムから新規な転写因子のターゲット遺伝子をin vitroにおいて多数同定しており、その一部をin vivoで検証したところターゲット遺伝子であることが確認された。今後はin vivoでの検証をハイスループット化し、ネットワークの全貌を明らかにすることを目指す。
研究成果 転写因子の下流に存在する発現ネットワークに関わる新規調節遺伝子をマイクロアレイ法にて抽出し、さらにRNA干渉とReal-time PCRにより実験的検証を行った。転写因子の一次、二次結合配列のデータベース作成に加えて、その誘導刺激後に、ネットワーク下流で作動する新規の転写抑制因子を見出した。その内の一つが炎症に関わる遺伝子群の制御を行なっていることが判明した。
データ種別 -
対象生物 マウス
組織・細胞株 -
対象遺伝子 -
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