ゲノムネットワークプロジェクト

ヒトゲノムネットワークプラットフォーム構築
研究課題 ヒトゲノムネットワーク情報システムの構築
研究期間 平成16年度〜20年度
研究課題代表者 五條堀 孝
所属機関 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター
研究目的 ゲノムネットワークプロジェクトにおける本研究課題の目標は、ヒトゲノムから複雑な生体反応がどのように産み出されているのかを、多種多様な遺伝子やタンパク質間の相互作用の協調的ネットワークの解明を通じて明らかにするために、本プロジェクトで産生されるデータを統合整理し、更なる研究(生命機構の解明や創薬研究など)のためにフィードバックする、データのプラットフォームを構築していくことにある。そのため、共同研究環境としてのヒトゲノムネットワークプラットフォームを実現し、ヒト生体分子ネットワーク情報の収集、解析と利用者への公開を実施するため、パイプライン技法を中心とした、高速なデータの連携・解析・可視化手法の実現を目指し、基礎生物学から医・薬学の応用分野に至るまで統合的な情報の提供を可能とするデータベースを構築・運用し、そのデータベースからの発見的情報利用技術の開発を、東京大学、長浜バイオ大学、特定非営利活動法人システム・バイオロジー研究機構と共同で実施する。
研究概要 具体的には、上記の目標を達成するために、(1)各研究グループから産出される大規模な生体分子間情報のデータを統合し、既に公開されている情報を含めた付加情報を与え、データベース化するシステム(これをパイプラインと呼ぶ)を開発する。(2)プロジェクト参加者間の情報交換を促進するべく、プロジェクトの成果情報をはじめプロジェクト内部の情報交換システムを構築し、プロジェクトメンバーに提供する。(3)ゲノムネットワークプロジェクトにおける研究成果を公開し、様々な基礎および応用研究に提供するためのインターフェイスを開発し公開する。(4)プロジェクト内外で得られたデータを活用し、新しい知識発見につなげるため、データベースからゲノムネットワークに関する情報および知識を抽出するアルゴリズム等独自の技術を開発する。以上を大きな柱として、ヒトゲノムネットワーク解明のための基礎情報の維持、提供のための情報システムの構築を進めると共に、生命情報科学の立場から、得られたデータに付加情報を与えると共に新しい知識の発見を目指す。
研究成果 ゲノムネットワークプロジェクトは「ゲノム機能情報の解析」、「ヒトゲノムネットワークプラットフォームの構築」、「次世代ゲノム解析技術の開発」、「個別生命機能の解析」、「動的ネットワーク解析技術開発」の戦略的な研究プログラムから構成される。ヒトゲノムネットワークプラットフォームでは、これらの相互連携を助け、得られた成果を統合することにより、より相乗的かつ有用な共有知識として基盤となるシステムの確立を進めている。また、プロジェクトにおいて産出されるデータだけでなく、ゲノムネットワークに関する、既に公開されている関連データをも格納し、様々な情報をゲノムワイドに統合・提供するインターフェイスを開発し、ゲノムネットワークプロジェクト内外の研究者に公開している。また、ゲノムネットワークビューワーとして、ゲノム、PPI(タンパク質相互作用)、遺伝子発現それぞれのビューワーを通じて、比較ゲノム、遺伝子発現解析、PPIネットワーク解析などの多彩な機能を開発し、提供(図)も同時に行っている。これにより、我が国で行われるゲノム機能の解明において、基盤となる情報システムを確立するとともに、基盤となる知識情報を維持し提供していく。更に、当該インターフェイス構築の過程で、ゲノムネットワーク解明のためのさまざまな手法と解析データを産出する。これは、生物学的な新発見・生命現象の解明に貢献することが期待される。 また、独自手法の開発として、CAGEタグマッピングのための独自アルゴリズムの開発、ネガティブフィードバック予測アルゴリズム開発やシスーエレメント予測ツールの実装など各種機能の強化に努めている。また、タンパク質相互作用情報解析のためのテキストマイニング手法、スプライスバリアントデータベースなどの開発も進めている。同時に、これらの新規技術を含めてヒトゲノムネットワークの解析も進めており、得られた成果は、順次プラットフォーム上で、また論文として公開して行く予定である。
データ種別 統合データベース
対象生物 ヒト、マウス
組織・細胞株 -
対象遺伝子 -
実験情報 -
統合データベース
(ダウンロード)
・CAGE Data Integrated Database
・qRT-PCR Data Integrated Database
・PPI Experimental Data Integrated Database
・PPI Public Data Integrated Database
・All PPI Data Integrated Database
・Viewer Data Integrated Database
・GNP Integrated Database
XMLデータ -
研究論文・特許出願・
学術発表など
------------------------------ PATENT ------------------------------
PATENT ID: 288
APPLICANT: 学校法人 慶應義塾
APPLICATION DATE: 2004-11-19
APPLICATION NUMBER: 2004-558397
KOKAI DATE:
KOKAI NUMBER:
TITLE: c-Fos蛋白質およびFosファミリー蛋白質と複合体を形成する蛋白質、ならびに、それをコードする核酸、ならびに、それらの利用方法
STATUS: Filed
AUTHOR NAME: 宮本 悦子、石坂 正道、柳川 弘志
AUTHOR AFFILIATION: 慶應義塾大学

------------------------------ PATENT ------------------------------
PATENT ID: 289
APPLICANT: 学校法人 慶應義塾
APPLICATION DATE: 2004-11-19
APPLICATION NUMBER: 2004-558397
KOKAI DATE:
KOKAI NUMBER:
TITLE: c-Fos蛋白質およびFosファミリー蛋白質と複合体を形成する蛋白質、ならびに、それをコードする核酸、ならびに、それらの利用方法
STATUS: Filed
AUTHOR NAME: 宮本 悦子、石坂 正道、柳川 弘志
AUTHOR AFFILIATION: 慶應義塾大学

------------------------------ PATENT ------------------------------
PATENT ID: 290
APPLICANT: 学校法人 慶應義塾
APPLICATION DATE: 2004-11-19
APPLICATION NUMBER: 2005-516432
KOKAI DATE:
KOKAI NUMBER:
TITLE: c-Jun蛋白質と複合体を形成する蛋白質、及び、それをコードする核酸、ならびに、それらの利用方法
STATUS: Filed
AUTHOR NAME: 宮本悦子、堀澤健一、柳川弘志
AUTHOR AFFILIATION: 慶應義塾大学

------------------------------ PATENT ------------------------------
PATENT ID: 291
APPLICANT: 学校法人 慶應義塾
APPLICATION DATE: 2004-11-19
APPLICATION NUMBER: 2005-516432
KOKAI DATE:
KOKAI NUMBER:
TITLE: c-Jun蛋白質と複合体を形成する蛋白質、及び、それをコードする核酸、ならびに、それらの利用方法
STATUS: Filed
AUTHOR NAME: 宮本悦子、堀澤健一、柳川弘志
AUTHOR AFFILIATION: 慶應義塾大学

------------------------------ PATENT ------------------------------
PATENT ID: 292
APPLICANT: 学校法人 慶應義塾
APPLICATION DATE: 2004-11-19
APPLICATION NUMBER: 2005-516432
KOKAI DATE:
KOKAI NUMBER:
TITLE: c-Jun蛋白質と複合体を形成する蛋白質、及び、それをコードする核酸、ならびに、それらの利用方法
STATUS: Filed
AUTHOR NAME: 宮本悦子、堀澤健一、柳川弘志
AUTHOR AFFILIATION: 慶應義塾大学

------------------------------ PATENT ------------------------------
PATENT ID: 293
APPLICANT: 学校法人 慶應義塾
APPLICATION DATE: 2004-11-24
APPLICATION NUMBER: 2005-515680
KOKAI DATE:
KOKAI NUMBER:
TITLE: 遺伝子および/又は蛋白質のデータベースを用いた相互作用マップの作成方法、ならびに、それを実現するためのソフトウエアおよび装置
STATUS: Filed
AUTHOR NAME: 宮本悦子、柳川弘志
AUTHOR AFFILIATION: 慶應義塾大学

------------------------------ PATENT ------------------------------
PATENT ID: 294
APPLICANT: 学校法人 慶應義塾
APPLICATION DATE: 2004-11-24
APPLICATION NUMBER: 2005-515680
KOKAI DATE:
KOKAI NUMBER:
TITLE: 遺伝子および/又は蛋白質のデータベースを用いた相互作用マップの作成方法、ならびに、それを実現するためのソフトウエアおよび装置
STATUS: Filed
AUTHOR NAME: 宮本悦子、柳川弘志
AUTHOR AFFILIATION: 慶應義塾大学

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:161
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: ICSEng '05
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2005-08-17
TITLE: Permeable Observations of Multifactor Database for Transcription Network
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: Miho Sera, Hisayoshi Zaima, Kazuho Ikeo, Takashi Gojobori
AUTHOR AFFILIATION: Center for Information Biology and DNA Data Bank of Japan, National Institute of Genetics

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:422
PUBLICATION TYPE: journal
PUBLICATION NAME: 20th IUBMB International Congress of Biochemistry and
ARTICLE TITLE: Predictive pipeline to extract cis-regulatory elements by cross-species comparison and cis-regulatory elements database for the Genome Network Project.
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2006-06-23
TITLE: Predictive pipeline to extract cis-regulatory elements by cross-species comparison and cis-regulatory elements database for the Genome Network Project.
STATUS: Published
AUTHOR NAME: Toshiyuki Okumura1, Hiroki Makiguchi1, Takeshi Konno2, Toshitsugu Okayama3, Miho Sera4, Hisayoshi Zaima4, Yasunobu Imai5, Kazuho Ikeo5, Takashi Gojobori5
AUTHOR AFFILIATION: 1.Mitsui Knowledge Industory Co., Ltd., 2.Fujitsu Corp., 3.BITS Corp., 4.Hitachi, Ltd., 5.Center for Information Biology and DNA Data Bank of Japan, National Institute of Genetics.

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:423
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 20th IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology and 11th FAOBMB Congress
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2006-06-20
TITLE: The Activity of Platform in Genome Network Project
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: Kazuho Ikeo1), Hisayoshi Zaima1), Miho Sera1), Kazuya Kanno1), Yoshiyuki Sakaki2), Yoshihide Hayashizaki2), Takashi Gojobori1), Genome Network Consortium, Genome Network Platform
AUTHOR AFFILIATION: 1) National Institute of Genetics, Mishima, Japan 2) RIKEN, Genomic Sciences Center, Yokohama, Japan

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:424
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 20th IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology and 11th FAOBMB Congress
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2006-06-23
TITLE: Data Integration Pipeline on the Genome Network Platform
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: Hisayoshi Zaima1, Norikazu Monma1, Miho Sera1, Naoko Saito1, Keiko Kojima1, Kazuho Ikeo2, Takashi Gojobori2
AUTHOR AFFILIATION: 1. Hitachi, Ltd., 2. Center for Information Biology and DNA Data Bank of Japan, National Institute of Genetics.

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:425
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 20th IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology and 11th FAOBMB Congress
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2006-06-23
TITLE: Graphical User Interfaces on Genome Network Platform Intergraded Database.
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: Kimiko Horibe1, Tomoyuki Yamamoto1, Kazuya Kanno2, Minako Sasaki2, Jin Taniguchi2, Kazuho Ikeo3, Takashi Gojobori3
AUTHOR AFFILIATION: 1. Hitachi Software Engineering Co., Ltd., 2. Hitachi Business Solution Co., Ltd., 3. Center for Information Biology and DNA Data Bank of Japan, National Institute of Genetics.

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:556
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 日本分子生物学会2006フォーラム
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2006-12-06
TITLE: 発現プロファイルとPPIデータを用いた相関解析
STATUS: Accepted
AUTHOR NAME: 宮本 青1, 紺野 剛史1, 池尾 一穂2, 五條堀 孝2
AUTHOR AFFILIATION: 1富士通株式会社, 2遺伝研・生命情報・DDBJ

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:574
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: Costa Rica Scientific meeting
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2007-01-08
TITLE: Transcriptional Landscape of Human Genome and its Evolutionary Implication to Isochore Structures
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: Takashi Gojobori and Kazuho Ikeo
AUTHOR AFFILIATION: Center for Information Biology and DNA Data Bank of Japan (DDBJ), National Institute of Genetics, Mishima, Japan

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:597
PUBLICATION TYPE: Book
PUBLICATION NAME: GENOME DYNAMICS Vol. 3: Gene and Protein Evolution
ARTICLE TITLE: Evolution of protein-protein interaction network
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2007-03-10
TITLE: Evolution of protein-protein interaction network
STATUS: Published
AUTHOR NAME: Takashi Makino(a,b,c) and Takashi Gojobori(a,d)
AUTHOR AFFILIATION: a) Center for Information Biology and DNA Data Bank of Japan, National Institute of Genetics, Yata 1111, Mishima 411-8540, Japan b) Immunotherapy Division, Shizuoka Cancer Center Research Institute, Shimonagakubo, Nagaizumi-cho, Shizuoka, Japan c) Department of Genetics, Smurfit Institute, University of Dublin, Trinity College, Dublin 2, Ireland d) Biological Information Research Center, National Institute of Advanced Industrial Science and Technology, AIST Bio-IT Research Bldg. 7F, 2-42 Aomi, Koto-ku, Tokyo 135-0064, Japan

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:962
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 第1回ゲノムネットワークプロジェクト公開シンポジウム
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2005-03-22
TITLE: ゲノムネットワークプラットフォーム
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: 五條堀 孝
AUTHOR AFFILIATION: 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:963
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 第2回ゲノムネットワークプロジェクト公開シンポジウム
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2006-01-26
TITLE: ゲノムネットワークプラットフォームの構築とヒトトランスクリプトームから見た遺伝子構造の統一的理解への活用
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: 五條堀 孝
AUTHOR AFFILIATION: 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:964
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: ライフサイエンス合同シンポジウム東京2006
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2006-03-14
TITLE: 統合データベースプロジェクト
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: 五條堀 孝
AUTHOR AFFILIATION: 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:965
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: ライフサイエンス合同シンポジウム大阪2006
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2006-03-23
TITLE: 統合データベースプロジェクト
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: 五條堀 孝
AUTHOR AFFILIATION: 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:966
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 第3回ゲノムネットワークプロジェクト公開シンポジウム
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2007-02-16
TITLE: ゲノムネットワークプラットフォームにおける知識基盤形成と転写制御ネットワークの解明への展望
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: 五條堀 孝
AUTHOR AFFILIATION: 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1010
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: タンパク3000プロジェクトーゲノムネットワークプロジェクト合同フォーラム(ポスター)
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2006-07-18
TITLE: Genome Network Platform and its Strategic Usage on the Transcriptome Analysis
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: 五條堀 孝
AUTHOR AFFILIATION: 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1011
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: ライフサイエンス合同シンポジウム東京2006(ポスター)
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2006-03-14
TITLE: ゲノムネットワークプラットフォームの構築
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: 五條堀 孝
AUTHOR AFFILIATION: 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1012
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: ライフサイエンス合同シンポジウム大阪2006(ポスター)
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2006-03-23
TITLE: ゲノムネットワークプラットフォームの構築
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: 五條堀 孝
AUTHOR AFFILIATION: 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1013
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 第30回日本分子生物学会大会 第80回日本生化学会大会 合同年会
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2007-12-11
TITLE: Application of Genome Network Platform to Analysis on Transcription Start Site
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: Miho Sera1), Ryo Tokioka1), Norikazu Monma1), Koichi Kimura2), Kazuho Ikeo3), Takashi Gojobori3)
AUTHOR AFFILIATION: 1)Hitachi, Ltd., Government & Public Corporation Information Systems Division 2)Hitachi, Ltd., Central Research Laboratory 3)National Institute of Genetics, Center for Information Biology and DNA Data Bank of Japan

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1023
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: Trends in Human Genetics Aug. 20-22, 2007 Toshali Sands, Puri, Orissa
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2007-08-21
TITLE: Large Scale Screening of Human Transcriptome: An introduction to Human Genome Network Project Construction of information system In Human Genome Network
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: Kazuho Ikeo,Takashi Gojobori
AUTHOR AFFILIATION: 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1118
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: Cold Spring Harbor Laboratory Meeting on "The Biology of Genomes"
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2007-05-08
TITLE: Characteristics of Transcription Initiation in CpG Islands
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: Kouichi Kimura1), Asako Koike1), Miho Sera2), Norikazu Momma2), Hisayoshi Zaima2), Kazuho Ikio3), Takashi Gojobori3)
AUTHOR AFFILIATION: 1)Hitachi, Ltd., Central Research Laboratory 2)Hitachi, Ltd., Government & Public Corporation Information Systems Division 3)National Institute of Genetics, Center for Information Biology and DNA Data Bank of Japan

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PUBLICATION ID:1623
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: BMB2008
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2008-07-24
TITLE: ヒト大規模PPIネットワークと発現プロファイルを用いたNegative Feedback Loopの解析
STATUS: Accepted
AUTHOR NAME: 紺野剛史1、宮本青1、池尾一穂2、五條堀孝2
AUTHOR AFFILIATION: 1.富士通株式会社、2.遺伝研・生命情報・DDBJ

その他
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