ゲノムネットワークプロジェクト

ゲノム機能情報の解析
研究課題 抗体を用いた転写因子複合体解析によるゲノムネットワークの理解
研究期間 平成18年度〜20年度
研究課題代表者 古閑 比佐志
所属機関 財団法人かずさDNA研究所
公開システム ATUM(抗体検索システム)
研究目的 転写制御系の全体像の解明を目標とした本プロジェクトの、次なるステップとしての蛋白質或いはDNA-蛋白質複合体レベルでの研究は、緊急かつ必須の課題である。一方蛋白質としての転写因子自身は、発現量も低くかつ時期・部位特異的な一過性の発現のため、その全貌を捉えるのはきわめて困難である。特異的に微量分子を捕捉することが可能な抗体は、このような研究を精力的に推進するため必須の研究ツールである。このような観点から、詳細な解析が必要な転写因子に関する抗体のライブラリーを構築することを本研究課題の目的とした。
研究概要 次の5つの研究細目により構成されている。1)転写関連蛋白質に対するウサギポリクローナル抗体の作製・評価(600種を目標に転写関連蛋白質に対する抗体を作製し、Western blotなどで評価していく)2)抗体評価のための各種発現系の作製(各種遺伝子発現系及び発現培養細胞株を作製する)3)免疫沈降産物の質量分析による蛋白質複合体解析(作製 した抗体を用いた免疫沈降産物を質量分析し、複合体構成因子を同定する)4)クロマチン免疫沈降法によるDNA-蛋白質複合体解析(作製した抗体を用い、ChIP-chipを行なう)5)データベースの構築(前記で蓄積されるデータをGNP DBに反映する)
研究成果 抗体作製に関しては、精製中の抗原蛋白質を含めると現時点(2008年7月)で607種と既に目標値の600を越えた。抗体評価のデータを搭載したATUM DBを作成し、GNP DBへのリンクを構築した。この内5種に関してはクロマチン免疫沈降の、30種に関しては蛋白質複合体解析のデータも取得した。
データ種別 抗原蛋白質及び抗体の画像と文字情報、tilling array data (affymetrix)、マウス胚免疫染色画像
対象生物 ヒト、マウス
組織・細胞株 ICRマウス成獣組織及びヒト癌由来細胞株抽出蛋白質、マウス10.5dpc胎児、HCT116細胞
対象遺伝子 -
実験情報 抗原蛋白質の配列及びSDS-PAGE、質量分析によるvalidation、前記サンプルを用いたWestern blottingによる抗体評価、白髭らの手法に準じたクロマチン免疫沈降、whole mount マウス胚免疫染色
産出データ
(ダウンロード)

全産出データのダウンロード(FTP)

・ポリクロナール抗体に関するデータ 549件
・抗原蛋白質に関するデータ 750件
・クロマチン免疫沈降に関するデータ 10件
・マウス胎児免疫染色に関するデータ 3件
XMLデータ -
研究論文・特許出願・
学術発表など
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PUBLICATION ID:700
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 日本分子生物学会年会
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2007-12-11
TITLE: 転写因子に対する抗体ライブラリーの構築
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: 島田 希代, 小原 令子, 岡崎 規理子, 池田 俊, 柳川 俊英, 長瀬 隆弘, 古閑 比佐志
AUTHOR AFFILIATION: かずさDNA研究所

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PUBLICATION ID:801
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: International Symposium on Advanced Functional Genomics
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2007-10-11
TITLE: Establishment of the ‘library’ of antibodies to clarify transcriptional network.
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: Kiyo Shimada 1, Reiko Ohara1, Noriko Okazaki1, Shun Ikeda1, Toshihide Yanagawa1, Takahiro Nagase1, Hisashi Koga 1
AUTHOR AFFILIATION: 1 Kazusa DNA Research Institute, 2-6-7 Kazusa-Kamatari, Kisarazu, Chiba 292-0818

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PUBLICATION ID:961
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: International Symposium on Advanced Functional Genomics
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2007-10-11
TITLE: Genome-wide analysis of SMARCAD1 (KIAA1122) targets by ChIP-on-chip
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: Noriko Okazaki, Shun Ikeda, Reiko Ohara, Kiyo Shimada, Toshihide Yanagawa, Hisashi Koga
AUTHOR AFFILIATION: Kazusa DNA Research Institute, 2-6-7 Kazusa-Kamatari, Kisarazu, Chiba 292-0818 Laboratory of Medical Genomics, Department of Human Genome Technology, Kazusa DNA Research Institute, Chiba, Japan

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PUBLICATION ID:1116
PUBLICATION TYPE: journal
PUBLICATION NAME: 実験医学別冊
ARTICLE TITLE: 抗体マイクロアレイ開発の現状と展望
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2007-12-01
TITLE: 抗体マイクロアレイ開発の現状と展望
STATUS: Published
AUTHOR NAME: 古閑比佐志
AUTHOR AFFILIATION: かずさDNA研究所 ヒトゲノム研究部 ゲノム医学研究室

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PUBLICATION ID:1117
PUBLICATION TYPE: Book
PUBLICATION NAME: マイクロアレイ・バイオチップの最新技術
ARTICLE TITLE: 抗体マイクロアレイ
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2008-01-01
TITLE: 抗体マイクロアレイ
STATUS: Published
AUTHOR NAME: 古閑比佐志
AUTHOR AFFILIATION: かずさDNA研究所 ヒトゲノム研究部 ゲノム医学研究室

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PUBLICATION ID:1200
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 熊本大学遺伝子実験施設セミナー
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2008-01-22
TITLE: バイオリソースの整備やバイオ情報の整理に根差した個別生命現象の理解-癌関連分子を例として-
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: 古閑 比佐志
AUTHOR AFFILIATION: かずさDNA研究所 ヒトゲノム応用研究部 ゲノム医学研究室

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PUBLICATION ID:1201
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: Annual Protein and Peptide Conference
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2007-04-22
TITLE: Antibody proteomics: Important strategy for filling the gap between gene expression and conventional proteomics
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: Hisashi KOGA
AUTHOR AFFILIATION: Laboratory of Medical Genomics Department of Human Genome Research Kazusa DNA Research Institute

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PUBLICATION ID:1235
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: Cold Spring Harbor Laboratory Meetings Epithelial-Mesenchymal Transition
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2008-03-17
TITLE: Tumor suppressive activity of Protocadherin LKC is mediated by the phenomenon closely mimicking EMT
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: Rui Ose, Shun Ikeda, Toshihide Yanagawa, Hisashi Koga
AUTHOR AFFILIATION: Laboratory of Medical Genomics, Department of Human Genome Technology, Kazusa DNA Research Institute

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PUBLICATION ID:1250
PUBLICATION TYPE: journal
PUBLICATION NAME: Journal of Molecular Biology
ARTICLE TITLE: The novel protein complex with SMARCAD1/KIAA1122 binds to the vicinity of TSS
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2008-07-14
TITLE: The novel protein complex with SMARCAD1/KIAA1122 binds to the vicinity of TSS
STATUS: Accepted
AUTHOR NAME: Noriko Okazaki, Shun Ikeda, Reiko Ohara, Kiyo Shimada, Toshihide Yanagawa, Takahiro Nagase, Osamu Ohara, Hisashi Koga
AUTHOR AFFILIATION: Laboratory of Medical Genomics, Department of Human Genome Research, Kazusa DNA Research Institute, 2-6-7 Kazusa-Kamatari, Kisarazu, Chiba 292-0818, Japan

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PUBLICATION ID:1253
PUBLICATION TYPE: journal
PUBLICATION NAME: cancer research
ARTICLE TITLE: The molecular behavior in contact inhibition induced by PCDH24 is partly mimicking the pattern observed in epithelial-mesenchymal transition
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2008-02-29
TITLE: The molecular behavior in contact inhibition induced by PCDH24 is partly mimicking the pattern observed in epithelial-mesenchymal transition
STATUS: Submitted
AUTHOR NAME: Rui Ose, Toshihide Yanagawa, Shun Ikeda, Hisashi Koga
AUTHOR AFFILIATION: Laboratory of Medical Genomics, Department of Human Genome Technology, Kazusa DNA Research Institute, 2-6-7 Kazusa-Kamatari, Kisarazu, Chiba 292-0818, Japan

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PUBLICATION ID:1293
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 第60回日本細胞生物学会大会
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2008-06-29
TITLE: Comprehensive analyses of KIAA proteins in mouse embryo: the platform of whole-mount immunostaining analyses and the WIST database
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: 〇Reiko Ohara1, Shun Ikeda1, Toshihide Yanagawa1, Kiyo Shimada1, Megumi Hashimoto2, Hiroshi Asahara2, Hisashi Koga1
AUTHOR AFFILIATION: 1Lab. of Medical Genomics, Kazusa DNA Research Institute, 2Dpt. of Regenerative Medicine, National Research Institute for Child Health and Development

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PUBLICATION ID:1552
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: BMB2007
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2007-12-11
TITLE: KIAA cDNA projectを活用した網羅的抗体作製と抗体マイクロアレイ開発
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: 古閑比佐志、薄井一恵、島田希代、小原令子、岡崎規理、長瀬隆弘、小原收
AUTHOR AFFILIATION: かずさDNA研究所

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PUBLICATION ID:1553
PUBLICATION TYPE: journal
PUBLICATION NAME: 生体の科学
ARTICLE TITLE: タンパク質間相互作用をターゲットとした新薬開発の戦略
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2007-10-15
TITLE: タンパク質間相互作用をターゲットとした新薬開発の戦略
STATUS: Published
AUTHOR NAME: 古閑 比佐志
AUTHOR AFFILIATION: かずさDNA研究所

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PUBLICATION ID:1616
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: BMB2008
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2008-07-14
TITLE: PCDH24による接触阻止メカニズムの解明
STATUS: Submitted
AUTHOR NAME: 大瀬 塁, 柳川 聡秀, 池田 俊, 小原 収, 古閑 比佐志
AUTHOR AFFILIATION: かずさDNA研究所

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PUBLICATION ID:1617
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: BMB2008
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2008-07-14
TITLE: Genome-wide analysis of KIAA proteins-binding genomic regions
STATUS: Submitted
AUTHOR NAME: Noriko Okazaki, Shun Ikeda, Kiyo Shimada, Reiko Ohara, Toshihide Yanagawa, Hisashi Koga
AUTHOR AFFILIATION: Kazusa DNA Research Institute

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PUBLICATION ID:1621
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: Gradient & Signalling: from chemotaxis to development
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2008-07-17
TITLE: Involvement of beta-catenin signaling in PCDH24-induced contact inhibition
STATUS: Accepted
AUTHOR NAME: Rui Ose, Toshihide Yanagawa, Shun Ikeda, Hisashi Koga
AUTHOR AFFILIATION: Kazusa DNA Research Institute

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PUBLICATION ID:1712
PUBLICATION TYPE: Book
PUBLICATION NAME: リサーチツールとしてのバイオリソースとバイオデータベー ス
ARTICLE TITLE: ポストゲノム時代に望まれるデータベース
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2008-09-09
TITLE: ポストゲノム時代に望まれるデータベース
STATUS: Submitted
AUTHOR NAME: 古閑比佐志、池田俊
AUTHOR AFFILIATION: かずさDNA研究所・ヒトゲノム研究部・ゲノム医学研究室

その他
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