ゲノムネットワークプロジェクト

ゲノム機能情報の解析
研究課題 ヒト全遺伝子レトロウイルス型siRNAライブラリの構築
研究期間 平成16年度〜20年度
研究課題代表者 秋山 徹
所属機関 東京大学分子細胞生物学研究所
研究目的 ヒト遺伝子2万種類に対するsiRNAをコードするレトロウイルス型コンストラクトを構築してコンソーシアムメンバーに配布し、その研究に資する事を目的とする。
研究概要 ほとんどすべてのヒト遺伝子をカバーする、約2 0 , 0 0 0 の遺伝子に対するレトロウイルス型s i R N Aライブラリ(pSUPERretroベクター)および ES細胞や神経細胞にも適用可能なレンチウイルス型siRNAライブラリ(約2,000遺伝子)を作製してきた。今後さらに、効きの悪かったコンストラクトの作り直しを含めて約3,000遺伝子に対するレンチウイルス型コンストラクトを追加作製しライブラリの完成度を高める。
研究成果 多数のsplicing variantを発現する遺伝子については、できるだけ多くのvariantsを潰すことが可能なコンストラクトを作製してある(約4,500程度)。またpSUPERretroベクターを使用すると、選択できるsiRNA配列が制限されて設計が困難であった遺伝子に対しては、独自に開発したRNA polymeraseII promoterによるshRNA発現ベクター(レンチウイルス型)を用いてある。約1,200遺伝子についてはヒト/マウス共通配列を用いてある。さらに、効きの悪かったコンストラクトの作り直しを含めて約3,000遺伝子に対するレンチウイルス型コンストラクトを追加作製する予定である。siRNA発現ライブラリの情報公開は、ゲノムネットワークプラットフォームから東京大学のサイトへリンクすることによって行っている。配布したsiRNA発現コンストラクトを用いた実験における標的遺伝子抑制効率を、任意にフィードバックするシステムも公開してある。
データ種別 siRNAライブラリ
対象生物 ヒト
組織・細胞株 -
対象遺伝子 -
実験情報 -
産出データ
(ダウンロード)
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XMLデータ -
研究論文・特許出願・
学術発表など
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PUBLICATION ID:1758
PUBLICATION TYPE: journal
PUBLICATION NAME: J. Biomed. Biotechnol.
ARTICLE TITLE: Essential notes regarding the design of functional siRNAs for efficient mammalian RNAi.
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2006-07-03
TITLE: Essential notes regarding the design of functional siRNAs for efficient mammalian RNAi.
STATUS: Published
AUTHOR NAME: Ui-Tei K, Naito Y, Saigo K.
AUTHOR AFFILIATION: Department of Biophysics and Biochemistry, Graduate School of Science, University of Tokyo

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PUBLICATION ID:1759
PUBLICATION TYPE: journal
PUBLICATION NAME: Methods Mol. Biol.
ARTICLE TITLE: Guidelines for the selection of effective short-interfering RNA sequences for functional genomics.

SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2007-01-01
TITLE: Guidelines for the selection of effective short-interfering RNA sequences for functional genomics.

STATUS: Published
AUTHOR NAME: Ui-Tei K, Naito Y, Saigo K.
AUTHOR AFFILIATION: Department of Biophysics and Biochemistry, Graduate School of Science, University of Tokyo

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PUBLICATION ID:1760
PUBLICATION TYPE: Book
PUBLICATION NAME: RNA interference research progress.
ARTICLE TITLE: Evaluation of published rational siRNA design algorithms using firefly luciferase gene as a reporter.

SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2008-01-01
TITLE: Evaluation of published rational siRNA design algorithms using firefly luciferase gene as a reporter.

STATUS: Published
AUTHOR NAME: Naito Y, Saigo K, Ui-Tei K.
AUTHOR AFFILIATION: Department of Biophysics and Biochemistry, Graduate School of Science, University of Tokyo

その他 -
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