ゲノムネットワークプロジェクト

ゲノム機能情報の解析
研究課題 In vitro virus 法による転写因子複合体の大規模解析
研究期間 平成16年度〜20年度
研究課題代表者 柳川 弘志
所属機関 慶應義塾大学理工学部生命情報学科
研究目的 ゲノムネットワークプロジェクトにおける「ゲノム機能情報の解析」プログラムの一環として、プロジェクトで必要な基盤的なゲノム機能データとして、転写因子間およびシグナル伝達系など生物学的に重要な相互作用に関するデータを産出し、中核機関が集中的に解析するタンパク質間相互作用(PPI)データの質・量ともに強化・補完する。
研究概要 我々が独自に開発した日本発の技術であるIn vitro virus (IVV)法を用いた大規模解析システムにより、慶應義塾大学理工学部を中核とした大規模PPI実験、慶應義塾大学環境情報学部によるデータのインフォ解析を行う。特に>、横軸?縦軸連携強化として、個別生物機能あるいは疾患に関わる研究機関のリクエストPPI解析を中心に、転写因子複合体やシグナル伝達因子複合体などのデータ解析を行い、信頼性が高く、かつ付加価値を有するデータを創出し、ゲノムネットワークプラットフォームへ提供する。これらのデータは、縦軸研究における効率的なゲノム創薬および画期的な病気の治療法の開発や、日本の国益となり得る強力な知的財産権の創出に大きく寄与することが期待できる。
研究成果 ロボットを利用した大規模PPI解析システムの構築を行い、ヒト転写因子に関する約1000相互作用を産出し、遺伝研のプラットホームへ提供してコンソーシアムへ公開した。個別生物機能あるいは疾患に関わる研究班である縦軸研究機関のリクエストPPI解析を行い、マウス転写因子及びシグナル伝達因子など約600相互作用を解析した。また、IVV法は、相互作用する相手がわかるだけでなく、どの領域で相互作用するのかを一度に解析出来る。このことにより、より正確でin vivoに近い複合体解析が実現できることがわかって来た。
データ種別 PPI IVV Data
対象生物 ヒト、マウス
組織・細胞株 ヒト脳、マウス(胎仔胸腺、脾臓、肝臓、端脳、脳皮質、破骨細胞)
対象遺伝子 -
実験情報 IVV法:in vitroのタンパク質間相互作用解析方法
産出データ
(ダウンロード)

全産出データのダウンロード(FTP)
(a) IVV法を用いて得られたヒトのタンパク質間相互作用のリスト
(b) IVV法を用いて得られた縦軸リクエスト遺伝子のタンパク質間相互作用のリスト
XMLデータ -
研究論文・特許出願・
学術発表など
------------------------------ PATENT ------------------------------
PATENT ID: 141
APPLICANT:
APPLICATION DATE: 2005-12-08
APPLICATION NUMBER: 特願2005-354344
KOKAI DATE:
KOKAI NUMBER:
TITLE: 配列データの取得方法ならびにそれらを利用したターゲット遺伝子の抽出方法および蛋白質の設計方法
STATUS: Filed
AUTHOR NAME: 宮本悦子1、鷲尾尊規1,2、柳川弘志1
AUTHOR AFFILIATION: 1(慶應大・院理工)2(奈良先端大・情報科学)

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PUBLICATION ID:212
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 第28回日本分子生物学会年会
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2005-12-07
TITLE: In vitro virus (IVV) 法によるヒト転写因子の大規模ネットワーク解析—創薬のためのゲノム機能DB構築に向けて—
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: 宮本 悦子 ; 石坂 正道; 斉藤 輪太郎; 鷲尾 尊規; 平井 直也; 増岡 和代; 山下 辰博; 押久保 朋宏; 赤坂 英俊; 高宮 健仁; 杉山 潤; 松本 康朗; 吉田 エリカ; 柳川 弘志
AUTHOR AFFILIATION: 慶應大・院理工, 慶應大・先端生命研, 奈良先端大・情報科学, 富士通(株), (株)FFC, インビトロジェン株式会社, 株式会社キアゲン

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:401
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 第27回分子生物学会年会、ポスター発表(2PB-453)
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2004-12-09
TITLE: In vitrovirus (IVV)法による転写因子複合体の大規模解析へ向けて
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: 宮本悦子1, 石坂正道1, 須恵香里1,平井直也1, 和田計也1,2、土井健太郎1,2, 山下辰博1,2, 赤坂英俊3, 高宮健仁2, 松本康郎4, 武井亮穂4, 柳川弘志1
AUTHOR AFFILIATION: 1(慶應大・院理工)2(富士通株式会社)3(株式会社FFC)4(株式会社キアゲン)

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:402
PUBLICATION TYPE: journal
PUBLICATION NAME: Genome Res. 2005 May; 15(5):710-7
ARTICLE TITLE: Cell-free cotranslation and selection using in vitro virus for high-throughput analysis of protein_protein interactions and complexes
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2005-05-15
TITLE: Cell-free cotranslation and selection using in vitro virus for high-throughput analysis of protein_protein interactions and complexes
STATUS: Published
AUTHOR NAME: Etsuko Miyamoto-Sato, Masamichi Ishizaka, Kenichi Horisawa, Seiji Tateyama, Hideaki Takashima, Shinichiro Fuse, Kaori Sue, Naoya Hirai, Kazuyo Masuoka, and Hiroshi Yanagawa
AUTHOR AFFILIATION: Department of Biosciences and Informatics, Faculty of Science and Technology, Keio University

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:403
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 第28回分子生物学会年会、ポスター発表(3P-0156)
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2005-12-09
TITLE: In vitro virus (IVV)法によるタンパク質相互作用の大規模解析のためのセレクションの最適化
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: 石坂正道1,平井直也1, 和田計也1,2、松本康郎3, 増岡和代1,杉山潤4、押久保朋宏5、赤坂英俊5, 高宮健仁2, 宮本悦子1, 柳川弘志 1
AUTHOR AFFILIATION: 1(慶應大・院理工)2(富士通株式会社)3(株式会社キアゲン)4(インビトロジェン株式会社)5(株式会社FFC)

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:404
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 第28回分子生物学会年会、ポスター発表
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2005-12-09
TITLE: In vitrovirus (IVV)法を用いたタンパク質相互作用部位の同定と構造データを用いたその精度の検証
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: 鷲尾尊規1,2、宮本悦子2, 柳川弘志2
AUTHOR AFFILIATION: 1(奈良先端大・情報科学)2(慶應大・院理工)

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:405
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 20th IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology and 11th FAOBMB Congress
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2006-06-22
TITLE: Toward human transcription factor interactome using in vitro virus
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: Etsuko Miyamoto-Sato, Masamichi Ishizaka, Rintaro Saito Takanori, Washio, Naoya Hirai, Masuoka Kazuyo, Tatsuhiro Yamashita, Tomohiro Oshikubo, Hidetoshi Akasaka Kenji Takamiya, Jun Sugiyama, Yasuo Matsumoto, Hiroshi Yanagawa
AUTHOR AFFILIATION: Grad. Sch. Sci. & Tech., Keio Univ., Yokohama, Japan

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PUBLICATION ID:406
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 20th IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology and 11th FAOBMB Congress
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2006-06-22
TITLE: Optimization of conditions of selection for a large-scale analysis of protein
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: masamichi ishizaka, Naoya Hirai, Kazuya Wada, Yasuo Matsumoto, Kazuyo Masuoka, Jun Sugiyama, Tomohiro Oshikubo, Hidetoshi Akasaka, Kenji Takamiya, Etsuko Miyamoto-Sato, Hiroshi Yanagawa
AUTHOR AFFILIATION: Grad. Sch. Sci. & Tech., Keio Univ., Yokohama, Japan

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:407
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 20th IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology and 11th FAOBMB Congress
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2006-06-22
TITLE: Development of analysis system for large-scale experiments of protein-protein interactions using in vitro virus (IVV)
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: Shigeo Fujimori, Tatsuhiro Yamashita, Tomohiro Oshikubo, Hidetoshi Akasaka, Kenji Takamiya, Masamichi Ishizaka, Takanori Washio, Etsuko Miyamoto-Sato, Hiroshi Yanagawa
AUTHOR AFFILIATION: Grad.Sch.Sci.&Tech., Keio Univ., Japan

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1189
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 第28回分子生物学会年会、ポスター発表(3P-0157)
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2005-08-22
TITLE: In vitro virus法より得たタンパク質間相互作用データのマトリクスアプローチによる解析
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: 斎藤輪太郎 1,3; 宮本悦子 1,2; 柳川弘志 1,2; 冨田勝 2,3
AUTHOR AFFILIATION: 1:慶應大・先端生命研, 2:同・院理工, 3:同・環境情報

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1190
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 第29回分子生物学会年会/20thIUBMB合同国際会議、ポスター発表 (4P-B-096)
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2006-06-21
TITLE: A comprehensive analysis of motif-motif interactions using in vitro virus
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: Rintaro Saito 1; Etsuko Miyamoto-Sato 2; Hiroshi Yanagawa 2; Masaru Tomita 1,3
AUTHOR AFFILIATION: 1:Keio Univ., Inst. Adv. Bio. Sci., 2:Keio Univ., Grad. Sch. Sci. & Tech., 3:Keio Univ., Dept. Environmental Info.

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1191
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 第29回分子生物学会年会/20thIUBMB合同国際会議、ポスター発表 (4P-B-097)
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2004-01-01
TITLE: Comprehensive functional analysis of splice variants using in vitro virus
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: Takanori Washio 1,4; Naohiro Yanagisawa 2,3; Noriyuki Kitagawa 2,3; Shigeo Fujimori 2,3; Hitomi Umeki 2,3; Masaru Tomita 2,5; Etsuko Miyamoto-Sato 4; Hiroshi Yanagawa 4
AUTHOR AFFILIATION: 1:Info. Sci., NAIST., 2:Inst. Adv. Biosci., Keio Univ.,3:Grad. Sch. Media & Governance, Bioinfo. Program, Keio Univ.,4:Keio Univ. Grad. Sch. Sci. & Tech.,5:Environmental Info., Keio Univ.

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1192
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: ICSB2006, Yokohama
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2006-10-09
TITLE: Toward a comprehensives analysis of human transcription factor networks using IVV
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: Etsuko Miyamoto-Sato 1; Masamichi Ishizaka 1; Rintaro Saito 2; Takanori Washio 1; Naoya Hirai 1; Kazuyo Masuoka 1; Tatsuhiro Yamashita 1,3; Tomohiro Oshikubo 1,4; Hiroshi Yanagawa 1
AUTHOR AFFILIATION: 1:Keio Univ., Grad. Sch. Sci. & Tech., 2:Keio Univ., Inst. Adv. Bio. Sci., 3:Info.Sci., NAIST., 4:Fujitsu Ltd., 5:FFC Ltd.

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1193
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: ICSB2006, Yokohama
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2006-10-09
TITLE: Search for causative functional SNPs using in vitro virus method
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: Hitomi Umeki 1,2; Shigeo Fujimori 3; Naohiro Yanagisawa 1; Takanori Washio 3; Etsuko Miyamoto-Sato 3; Masaru Tomita 1,4; Hiroshi Yanagawa 3
AUTHOR AFFILIATION: 1:Inst. Adv. Biosci., Keio Univ.,2:Grad. Sch. Media & Governance, Bioinfo. Program, Keio Univ.,3:Grad. Sch. Sci. & Tech., Keio Univ., 4:Environmental Info., Keio Univ.

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1194
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 第31回生命の起源および進化学会学術講演会、一般講演
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2004-01-01
TITLE: IVV 法を用いた相互作用解析からのタンパク質機能単位の探索
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: 石坂正道 1,2; 宮本悦子 1,2; 柳川弘志 1,2
AUTHOR AFFILIATION: 1:慶應大・院理工, 2:慶應大・院理工

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PUBLICATION ID:1195
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 日本分子生物学会2006フォーラム分子生物学の未来,名古屋
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2006-12-06
TITLE: IVV法による大規模タンパク質相互作用解析からゲノム創薬へ
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: 宮本悦子 1; 柳川弘志 2
AUTHOR AFFILIATION: 1 Keio Univ., Grad. Sch. Sci. & Tech., 2 Keio Univ., Inst. Adv. Bio. Sci.,

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1196
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 第31回生命の起源および進化学会学術講演会、シンポジウム招待講演
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2006-03-16
TITLE: 進化分子工学から生まれたピューロマイシンテクノロジー(IVV法とC末端ラベル化法)によるタンパク質相互作用解析 -そこから学ぶ進化の多様性-
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: 宮本悦子 1; 柳川弘志 1
AUTHOR AFFILIATION: 1:慶應大・院理工

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PUBLICATION ID:1197
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: BMB2007 (2P-1492)
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2007-12-12
TITLE: In vitro virus法に基づくタンパク質相互作用領域情報データベースの開発
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: 藤森茂雄 1; 押久保朋宏 1,3; 山下辰博 1,2; 石坂正道 1; 宮本悦子 1; 柳川弘志 1
AUTHOR AFFILIATION: 1:慶大・院理工, 2:FFC, 3:富士通

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1198
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: BMB2007 (2P-1492)
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2007-12-12
TITLE: In vitro virus (IVV)法によるヒト転写因子の大規模ネットワーク解析
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: 宮本悦子 1; 石坂正道 1; 藤森茂雄 1; 平井直也 1; 増岡和代 1; 山下辰博 1,2; 押久保朋宏 1,3; 斎藤輪太郎 4; 小澤陽介 5,6; 鷲尾尊規 1,4; 冨田勝 4; 赤坂英俊 1,3; 高宮健二 1,2; 杉山潤 1,7; 松本康朗 1,8; 柳川弘志 1
AUTHOR AFFILIATION: 1:慶應大・院理工, 2:富士通(株), 3:(株)FFC, 4:慶應大・環境情報, 5:慶應大・政策・メディア, 6:日本IBM 東京基礎研究所, 7:インビトロジェン株式会社, 8:株式会社キアゲン

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PUBLICATION ID:1276
PUBLICATION TYPE: Book
PUBLICATION NAME: Cell-Free Protein Expression (ISBN: 978-1-58706-123-3)
ARTICLE TITLE: Application of in Vitro Virus (IVV) Technigue for High-Throughput Analysis of Protein-Protein Interactions
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2007-07-01
TITLE: Application of in Vitro Virus (IVV) Technigue for High-Throughput Analysis of Protein-Protein Interactions
STATUS: Published
AUTHOR NAME: Etsuko Miyamoto-Sato 1; Hiroshi Yanagawa 1
AUTHOR AFFILIATION: 1 Keio Univ., Grad. Sch. Sci. & Tech.

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PUBLICATION ID:1277
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: BMB2007 ポスター(2P-1496)
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2007-12-12
TITLE: In vitrovirus (IVV) 法を用いた新たな転写制御ネットワークの解明
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: 舘山誠司 1; 児玉達史 1;宮本悦子 1; 高嶋秀昭 1; 柳川弘志 1
AUTHOR AFFILIATION: 1 慶應大・院理工

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PUBLICATION ID:1278
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: BMB2007 (2P-1491)
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2007-12-12
TITLE: C末端ラベル化法によるタンパク質間相互作用の大規模解析に向けて
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: 石坂正道 1; 平井直也 1; 松本康朗 1,2; 増岡和代 1; 藤森茂雄 1; 宮本悦子 1; 柳川弘志 1
AUTHOR AFFILIATION: 1慶應大・院理工, 2株式会社キアゲン

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PUBLICATION ID:1279
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: Genome Informatics Workshop (GIW) 2007 Oral presentation
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2007-12-05
TITLE: Comprehensive Analysis of Domain-Domain Interactions Using In Vitro Virus
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: Rintaro Saito 1,3; Yosuke Ozawa 2; Shigeo Fujimori 4; Motomu Matsui 2; Shota Ushiama 3; Hisashi Kashima 5; Hiroshi Yanagawa 1,4; Etsuko Miyamoto-Sato 1,4; Masaru Tomita 1
AUTHOR AFFILIATION: 1:Inst. Adv. Biosci., Keio Univ. 2:Grad. Sch. of Med. & Gov., Keio Univ. 3:Dept. Env.&Info. Studies, Keio Univ. 4:Grad. Sch. Sci. & Tech., Keio Univ. 5:IBM Tokyo Research Lab.

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1280
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: BMB2007 (2P-1493)
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2007-12-12
TITLE: IVV法によるタンパク質の新規相互作用予測のためのドメイン間相互作用辞書の構築
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: 斎藤輪太郎 1; 小澤陽介 2,4; 藤森茂雄 3; 松井求 2; 牛尼翔太 1; 鹿島久嗣 4; 柳川弘志 3; 宮本悦子 3; 冨田勝 1
AUTHOR AFFILIATION: 1 慶大・環境情報, 2 同・政策・メディア, 3 同・院理工, 4 日本IBM東京基礎研

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1281
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: BMB2007 (2P-1494)
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2007-12-12
TITLE: 結合ドメインを考慮したタンパク質複合体の予測手法
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: 小澤陽介 1,4; 斎藤輪太郎 2; 藤森茂雄 3; 鹿島久嗣 4; 柳川弘志 3; 宮本悦子 3; 冨田勝 2
AUTHOR AFFILIATION: 1 慶應大・政策・メディア, 2 慶應大・環境情報, 3 慶應大・院理工, 4 日本IBM 東京基礎研究所

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1282
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: Genome Informatics Workshop (GIW) 2007 Poster
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2007-12-05
TITLE: A novel method considering binding domain independency for extracting protein complexes
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: Yosuke Ozawa 1,4; Rintaro Saito 2; Shigeo Fujimori 3; Hisashi Kashima 4; Hiroshi Yanagawa 3; Etsuko Miyamoto-Sato 3; Masaru Tomita 1
AUTHOR AFFILIATION: 1:Grad. Sch. of Med. & Gov., Keio Univ. 2:Dept. Env.&Info. Studies, Keio Univ. 3:Grad. Sch. Sci. & Tech., Keio Univ. 4:IBM Tokyo Research Lab.

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1283
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: JSBi 2007 Poster
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2007-12-17
TITLE: Impact of Alternative Transcription Initiation and Alternative Splicing on the Human Protein-Protein Interaction Network
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: Anton Kratz 1,2; Rintaro Saito 1,2; Arun Krishnan 1; Hiroshi Yanagawa 4; Etsuko Miyamoto-Sato 1,4; Masaru Tomita 1,2
AUTHOR AFFILIATION: 1:Inst. Adv. Biosci., Keio Univ. 2:Grad. Sch. of Med. & Gov., Keio Univ. 3:Dept. Env.&Info. Studies, Keio Univ. 4:Grad. Sch. Sci. & Tech., Keio Univ.

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1544
PUBLICATION TYPE: journal
PUBLICATION NAME: Nucleic Acids Research
ARTICLE TITLE: Protein-protein interaction analysis by C-terminally specific fluorescence labeling and fluorescence cross-correlation spectroscopy
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2006-08-16
TITLE: Protein-protein interaction analysis by C-terminally specific fluorescence labeling and fluorescence cross-correlation spectroscopy
STATUS: Published
AUTHOR NAME: Rieko Oyama, Hideaki Takashima, Masato Yonezawa, Nobuhide Doi, Etsuko Miyamoto-Sato, Masataka Kinjo1 and Hiroshi Yanagawa
AUTHOR AFFILIATION: Department of Biosciences and Informatics, Keio University

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1545
PUBLICATION TYPE: journal
PUBLICATION NAME: Nucleic Acids Research
ARTICLE TITLE: Affinity selection of DNA-binding protein complexes using mRNA display
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2006-02-14
TITLE: Affinity selection of DNA-binding protein complexes using mRNA display
STATUS: Published
AUTHOR NAME: Seiji Tateyama, Kenichi Horisawa, Hideaki Takashima, Etsuko Miyamoto-Sato, Nobuhide Doi and Hiroshi Yanagawa
AUTHOR AFFILIATION: Department of Biosciences and Informatics, Faculty of Science and Technology, Keio University

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1546
PUBLICATION TYPE: journal
PUBLICATION NAME: Viva origino
ARTICLE TITLE: Puromycin technology for in vitro evolution and proteome exploration
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2007-01-25
TITLE: Puromycin technology for in vitro evolution and proteome exploration
STATUS: Published
AUTHOR NAME: Etsuko Miyamoto-Sato and Hiroshi Yanagawa
AUTHOR AFFILIATION: Department of Biosciences and Informatics, Faculty of Science and Technology, Keio University

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1547
PUBLICATION TYPE: journal
PUBLICATION NAME: Journal of Drug Targeting
ARTICLE TITLE: Toward functional analysis of protein interactome using "in vitro virus" : In silico analyses of Fos/Jun interactors
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2006-10-01
TITLE: Toward functional analysis of protein interactome using "in vitro virus" : In silico analyses of Fos/Jun interactors
STATUS: Published
AUTHOR NAME: Etsuko Miyamoto-Sato and Hiroshi Yanagawa
AUTHOR AFFILIATION: Department of Biosciences and Informatics, Faculty of Science and Technology, Keio University

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1887
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: BMB2008 ポスター(4P-1313)
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2008-12-12
TITLE: 結合ドメインを考慮したタンパク質複合体の予測
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: 小澤陽介 1,4; 斎藤輪太郎 2; 日野克哉 2; 藤森茂雄 3; 宮本悦子 3; 柳川弘志 3; 冨田勝 2
AUTHOR AFFILIATION: 1慶應大・政策・メディア, 2慶應大・環境情報, 3慶應大・院理工, 4日本IBM 東京基礎研究所

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1888
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: BMB2008 ポスター(4P-1314)
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2008-12-12
TITLE: IVV法を用いた網羅的なタンパク質の結合ドメインおよび新規タンパク質間相互作用の予測
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: 斎藤輪太郎 1; 小澤陽介 2,4; 藤森茂雄 3; 松井求 2; 牛尼翔太 1; 柳川弘志 3; 宮本悦子 3; 冨田勝 1
AUTHOR AFFILIATION: 1慶應大・環境情報, 2慶應大・政策・メディア, 3慶應大・院理工, 4日本IBM 東京基礎研究所

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1889
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: BMB2008 ポスター(4P-1312)
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2008-12-12
TITLE: タンパク質相互作用領域情報データベースの構築とデータの活用事例
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: 藤森茂雄 1; 押久保朋宏 1,2; 山下辰博 1,3; 石坂正道 1; 宮本悦子 1; 柳川弘志 1
AUTHOR AFFILIATION: 1慶應大・院理工, 2(株)FFC, 3富士通(株)

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1890
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: BMB2008 ポスター(4P-1310)
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2008-12-12
TITLE: In vitro virus (IVV) 法によるタンパク質相互作用領域(IR)を利用したヒト転写因子ネットワーク解析の精緻化によるドラッグターゲット抽出に向けて
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: 宮本悦子 1; 石坂正道 1; 藤森茂雄 1; 平井直也 1; 増岡和代 1; 日野克哉 2; 牛尼翔太 2; 松岡佳代 2; 小澤陽介 3,4; 斎藤輪太郎 2; 山下辰博 1,5; 押久保朋宏 1,6; 鷲尾尊規 1; 冨田勝 2; 赤坂英俊 6; 杉山潤 1,7; 松本康朗 1,8; 柳川弘志 1
AUTHOR AFFILIATION: 1慶應大・院理工, 2慶應大・環境情報, 3慶應大・政策・メディア, 4日本IBM 東京基礎研究所, 5富士通(株), 6(株)FFC, 7インビトロジェン株式会社, 8株式会社キアゲン

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1891
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: BMB2008 ポスター(4P-1311)
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2008-12-12
TITLE: C末端ラベル化法によるタンパク質間相互作用のハイスループット解析
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: 石坂正道1, 平井直也1, 松本康郎1,2, 増岡和代1, 藤森茂雄1,宮本悦子1, 柳川弘志1
AUTHOR AFFILIATION: 1慶應大・院理工, 2(株)キアゲン

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1897
PUBLICATION TYPE: journal
PUBLICATION NAME: J. Boil. Chem.
ARTICLE TITLE: Six Classes of Nuclear Localization Signals Specific to Different Binding Grooves of Importin
SUBMIT DATE: 2008-09-10
ACCEPT DATE: 2008-11-10
PUBLICATION DATE: 2009-01-02
TITLE: Six Classes of Nuclear Localization Signals Specific to Different Binding Grooves of Importin
STATUS: Published
AUTHOR NAME: Shunichi Kosugi 1,2, Masako Hasebe 1, Nobutaka Matsumura 2, Hideaki Takashima 2, Etsuko Miyamoto-Sato 2, Masaru Tomita 1, and Hiroshi Yanagawa 1,2
AUTHOR AFFILIATION: 1: Institute for Advanced Biosciences, Keio University, 2:Department of Biosciences and Informatics, Faculty of Science and Technology, Keio University,

その他 (1)日経バイオテク・オンライン「慶應大学がIVV法をハイスループット化ータンパク質相互作用の網羅解析へー」(2005年4月14日)
(2)日本経済新聞「たんぱく質の相互作用:大規模解析にメドー慶大など」(2005年4月29日)
(3)日経サイエンス「ゲノムネットワークを解き明かすピューロマイシン・テクノロジー(2007年1月号、p.134)
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