ゲノムネットワークプロジェクト

ゲノム機能情報の解析
研究課題 酵母ツーハイブリッド法による転写因子間の相互作用の解明と補助因子の検索・同定
研究期間 平成16年度〜20年度
研究課題代表者 大友 純
所属機関 株式会社日立製作所中央研究所
研究目的 本研究は高精度かつハイスループットを特長とする日立酵母ツーハイブリッド(Y2H)システムを用いて、ヒト転写因子と相互作用するタンパク質群を網羅的に同定することにより、転写調節におけるタンパク質間ネットワーク全体像の解明とともに、新規調節機構の発見・解析、さらに創薬基盤研究への応用を目指すものである。
研究概要 日立Y2Hシステムでは、転写関連因子をドメイン単位で断片化したベイトを用いて、ヒト由来各種臓器・細胞より、ベイトと相互作用するタンパク質断片であるプレイのスクリーニングを実施している。さらに、本データから成るネットワークより各種疾患関連パスウェイの抽出を実施している。
研究成果 合計2,371件のタンパク質ドメイン間相互作用データを産出しており、データの最大89%が新規であることが明らかとなった。本ネットワーク中には、特に前立腺癌・乳癌に関わる性ホルモンリガンドの核内受容体パスウェイデータ、脳、マクロファージにおけるネットワークデータが豊富に含まれている。
データ種別 PPI Y2H data
対象生物 ヒト(一部マウス・ウイルスを含む)
組織・細胞株 Human:
prostate cancer / breast cancer, brain, macrophage, heart, liver, liver / small intestine / adipose, kidney, adipose, thymus, lung and hippocampus

Mouse: embryo
対象遺伝子 主に転写調節因子
実験情報 高精度ハイスループット酵母ツーハイブリッドシステムにより、主に転写調節因子を解析対象タンパク質とし、ドメイン単位にて断片化したベイト(餌)を用いて、上記各種細胞・臓器由来ライブラリから相互作用タンパク質断片プレイ(餌食)を同定する。
産出データ
(ダウンロード)

全産出データのダウンロード(FTP)
合計2,371件のタンパク質ドメイン間相互作用データを産出し、コンソーシアム公開済み。また、各相互作用データの信頼性評価実験結果、並びに、得られたクローンの全配列データも公開。
XMLデータ XMLフォーマットデータ
研究論文・特許出願・
学術発表など
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PUBLICATION ID:215
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 2005年分子生物学会年会
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2005-12-07
TITLE: 日立酵母ツーハイブリッドシステムによる大規模ヒト転写調節因子ネットワーク解析
STATUS: Accepted
AUTHOR NAME: 石田佳子1, 勝田奈穂子1, 溝口崇子1, 白鳥亜希子1, 武田志津1, 大友純1, 我妻雅子1, 豊田敦2, 野口英樹2, 竹田忠行2, 久原哲3, 岩柳隆夫1
AUTHOR AFFILIATION: 1(株)日立製作所・ライフサイエンス推進事業部, 2理研・GSC, 3九大院・生資環・遺資工

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PUBLICATION ID:712
PUBLICATION TYPE: journal
PUBLICATION NAME: BMC Phrmacology
ARTICLE TITLE: An integrative in silico approach for discovering candidates for drug-targetable protein-protein interactions in interactome data
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2007-07-20
TITLE: An integrative in silico approach for discovering candidates for drug-targetable protein-protein interactions in interactome data
STATUS: Published
AUTHOR NAME: Nobuyoshi Sugaya1*, Kazuyoshi Ikeda1, Toshiyuki Tashiro1, Shizu Takeda2, Jun Otomo2, Yoshiko Ishida2, Akiko Shiratori2, Atsushi Toyoda3, Hideki Noguchi3, Tadayuki Takeda3, Satoru Kuhara4, Yoshiyuki Sakaki3 and Takao Iwayanagi5
AUTHOR AFFILIATION: 1 PharmaDesign, Inc., 2-19-8 Hatchobori, Chuo-ku, Tokyo, 104-0032 Japan. 2 Central Research Laboratory, Hitachi, Ltd., 1-280 Higashi-koigakubo, Kokubunji-shi, Tokyo, 185-8601 Japan. 3 Genomic Sciences Center, RIKEN, 1-7-22 Suehiro-cho, Tsurumi-ku, Yokohama, Kanagawa, 230-0045 Japan. 4 Graduate School of Genetic Resources Technology, Kyushu University, 6-10-1 Hakozaki, Higashi-ku, Fukuoka, 812-8581 Japan. 5 Research & Development Group, Hitachi, Ltd., 1-6-1 Marunouchi, Chiyoda-ku, Tokyo, 100-8220 Japan

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PUBLICATION ID:1177
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2007-12-13
TITLE: NF-κB関連タンパク質間相互作用ネットワークに基づいた一本鎖抗体スクリーニング
STATUS: Accepted
AUTHOR NAME: 濱里 史明、武田 志津、坂本 健、岩柳 隆夫
AUTHOR AFFILIATION: 日立製作所 中央研究所、研究開発本部

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PUBLICATION ID:1188
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 日本薬学会第128年会
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2008-03-26
TITLE: 酵母ツーハイブリッド法による大規模転写因子ネットワーク解析
STATUS: Accepted
AUTHOR NAME: 〇武田志津1)、石田佳子1)、大友純1)、豊田敦2)、菅谷昇義3)、池田和由3)、岩柳隆夫4)
AUTHOR AFFILIATION: 1)株式会社日立製作所中央研究所、2)理化学研究所ゲノム科学総合研究センター、3)株式会社ファルマデザイン、4)株式会社日立製作所研究開発本部

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PUBLICATION ID:1325
PUBLICATION TYPE: journal
PUBLICATION NAME: BIBM2008
ARTICLE TITLE: Evaluating Protein Sequence Signatures Inferred from Protein-Protein Interaction Data by Gene Ontology Annotations
SUBMIT DATE: 2008-05-13
ACCEPT DATE: 2008-03-13
PUBLICATION DATE: 2008-11-07
TITLE: Evaluating Protein Sequence Signatures Inferred from Protein-Protein Interaction Data by Gene Ontology Annotations
STATUS: Published
AUTHOR NAME: Osamu Maruyama1, Hideki Hirakawa2, Jun Otomo3, Shizu Takeda3, Yoshiko Ishida3, Takao Iwayanagi4,5, Satoru Kuhara6
AUTHOR AFFILIATION: 1. Faculty of Mathematics, Kyushu University, Hakozaki, Higashi-ku, Fukuoka-shi, Fukuoka 812-8581, Japan 2. Faculty of Agriculture, Kyushu University, Hakozaki, Higashi-ku, Fukuoka-shi, Fukuoka 812-8581, Japan 3. Central Research Laboratory, Hitachi, Ltd., 1-280 Higashi-koigakubo, Kokubunji-shi, Tokyo, 185-8601, Japan 4. R&D Solution Center, Research & Development Group, Hitachi, Ltd., 1-6-6, Marunouchi, Chiyoda-ku, Tokyo, 100-8280, Japan 5. Present address: Center for Information Biology and DNA Data Bank of Japan, National Institute of Genetics, 1111 Yata, Mishima, Shizuoka 411-8540, Japan 6. Graduate School of Genetic Resources Technology, Kyushu University, Hakozaki, Higashi-ku, Fukuoka-shi, Fukuoka 812-8581, Japan

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PUBLICATION ID:1417
PUBLICATION TYPE: journal
PUBLICATION NAME: 蛋白質核酸酵素
ARTICLE TITLE: 高精度ハイスループット酵母ツーハイブリッドシステム
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2004-12-15
TITLE: 高精度ハイスループット酵母ツーハイブリッドシステム
STATUS: Published
AUTHOR NAME: 武田志津
AUTHOR AFFILIATION: 株式会社日立製作所

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PUBLICATION ID:1418
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 第20回国際生化学・分子生物学会
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2006-06-20
TITLE: Large-scale analysis of human transcription factor networks by high-quality yeast two-hybrid system
STATUS: Accepted
AUTHOR NAME: Takao Iwayanagi1, Shizu Takeda1, Jun Otomo1, Yoshiko Ishida1, Akiko Shiratori1, Atsushi Toyoda2, Tadayuki Takeda2, Satoru Kuhara3 and Yoshiyuki Sakaki2
AUTHOR AFFILIATION: 1Life Science Group, Hitachi, Ltd.; 2Genomic Sciences Center, RIKEN and 3Grad. Sch. Genetic Resources Technology, Kyushu Univ.)

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PUBLICATION ID:1419
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: The second Cold Spring Harbor Laboratory/Wellcome Trust conference on INTERACTOME NETWORKS
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2006-09-01
TITLE: Large-scale analysis of human transcription factor networks by high-quality yeast two-hybrid system
STATUS: Accepted
AUTHOR NAME: Takao Iwayanagi1, Shizu Takeda1, ○Jun Otomo1, Yoshiko Ishida1, Akiko Shiratori1, Makiko Takahashi1, Nobuyoshi Sugaya2, Toshiyuki Tashiro2, Kazuyoshi Ikeda2, Atsushi Toyoda3, Tadayuki Takeda3, Satoru Kuhara4 and Yoshiyuki Sakaki3
AUTHOR AFFILIATION: 1Life Science Group, Hitachi, Ltd.; 2PharmaDesign, Inc.; 3Genomic Sciences Center, RIKEN and 4Grad. Sch. Genetic Resources Technology, Kyushu Univ.

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PUBLICATION ID:1480
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 第11回システムバイオロジー研究会
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2006-06-30
TITLE: 酵母ツーハイブリッド法による転写因子ネットワーク解析
STATUS: Accepted
AUTHOR NAME: 武田志津
AUTHOR AFFILIATION: 株式会社日立製作所

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PUBLICATION ID:1481
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: CBI学会2007年大会
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2007-10-03
TITLE: Discovering druggable protein-protein interactions based on integrative in silico biology
STATUS: Accepted
AUTHOR NAME: Nobuyoshi Sugaya1, Kazuyoshi Ikeda1, Toshiyuki Tashiro1, Shizu Takeda2, Jun Otomo2, Yoshiko Ishida2, Akiko Shiratori2, Takao Iwayanagi2
AUTHOR AFFILIATION: PharmaDesign, Inc.1, Hitachi, Ltd.2

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PUBLICATION ID:1596
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: BMB2008
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2008-12-09
TITLE: 酵母ツーハイブリッド法による大規模ヒト転写調節因子ネットワーク解析
STATUS: Accepted
AUTHOR NAME: 武田志津1, 石田佳子1, 岩柳隆夫1,2, 大友純1
AUTHOR AFFILIATION: 1日立製作所, 現2遺伝研

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PUBLICATION ID:1624
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: BMB2008
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2008-12-09
TITLE: 酵母ツーハイブリッド法による大規模ヒト転写調節因子ネットワーク構築
STATUS: Accepted
AUTHOR NAME: 石田佳子1, 武田志津1, 濱里史明1, 小池麻子1, 大友純1, 田上道平2, 木嶋真美2 ,森田良治2, 岩柳隆夫1,3
AUTHOR AFFILIATION: 1(株)日立製作所, 2理化学研究所, 現所属3国立遺伝学研究所

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PUBLICATION ID:1831
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: Molecular Medicine Tri-Conference 2009
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2009-02-25
TITLE: Large-scale analysis of human transcription factor networks using high-quality yeast two-hybrid system
STATUS: Accepted
AUTHOR NAME: ○Shizu Takeda 1, Yoshiko Ishida 1, Takao Iwayanagi2 and Jun Otomo1
AUTHOR AFFILIATION: 1Central Research Laboratory, Hitachi, Ltd., 2National Institute of Genetics

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PUBLICATION ID:1885
PUBLICATION TYPE: journal
PUBLICATION NAME: はいたっく
ARTICLE TITLE: 医薬品開発への応用が期待できる世界最大規模のタンパク質間相互作用データを公開
SUBMIT DATE: 2008-10-17
ACCEPT DATE: 2008-10-17
PUBLICATION DATE: 2008-11-01
TITLE: 医薬品開発への応用が期待できる世界最大規模のタンパク質間相互作用データを公開
STATUS: Published
AUTHOR NAME: 武田志津、大友純
AUTHOR AFFILIATION: 株式会社日立製作所

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PUBLICATION ID:1886
PUBLICATION TYPE: journal
PUBLICATION NAME: 日立評論
ARTICLE TITLE: 医薬品開発への応用が期待できる転写調節因子の大規模相互作用データを公開
SUBMIT DATE: 2008-09-12
ACCEPT DATE: 2008-09-12
PUBLICATION DATE: 2009-01-01
TITLE: 医薬品開発への応用が期待できる転写調節因子の大規模相互作用データを公開
STATUS: Published
AUTHOR NAME: 武田志津、石田佳子、大友純
AUTHOR AFFILIATION: 株式会社日立製作所

その他 2008年7月7日の「日経産業新聞 先端技術面」に以下の内容にて掲載された。
日立製作所が産出したヒトの遺伝子発現を調節するタンパク質の相互作用データ1,414件を、国立遺伝学研究所の運営するゲノムネットワークプラットフォームから一般公開。
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