ゲノムネットワークプロジェクト

次世代ゲノム解析技術の開発
研究課題 ショットガン戦略による高分解能メチル化ボディマッピング
研究期間 平成18年度〜20年度
研究課題代表者 伊藤 隆司
所属機関 東京大学大学院新領域創成科学研究科
公開システム UTGB (UT Genome Browser)
研究目的 転写因子と標的遺伝子の相互作用は、DNAメチル化などのエピジェネティック修飾によって大きな影響を受けるので、ゲノムネットワークの理解には、個々の細胞や組織におけるメチル化状態の把握が必要になる。そこで、そのための高分解能メチル化ボディマッピング技術を開発する。
研究概要 単一ヌクレオチド解像度でDNAのメチル化状態を決定できるバイサルファイト・シークエンス法(BS)を次世代シークエンサによるショットガン方式で行なう「バイサルファイト・ショットガン・シークエンス法(BSS)」を開発する。モデル生物としてアカパンカビを採り上げ、454シークエンサを用いてBSS技術を開発する。
研究成果 454DNAシークエンサを用いるBSS法をデータ解析法も含めて開発した。これを用いて、モデル生物アカパンカビの全ゲノムBSSを行い、メチル化に関する新しい法則を発見した。
データ種別 バイサルファイトシークエンスデータ
対象生物 Neurospora crassa(アカパンカビ)
組織・細胞株 N150 74-OR23-1VA
対象遺伝子 全ゲノム
実験情報 制限酵素消化ゲノムDNAにバイサルファイト耐性アダプタを付加し、バイサルファイト処理後、2サイクルのプライマ伸長反応で2本鎖化する。この際にT7プロモータ配列を導入しておき、鋳型DNAを試験管内転写でRNAとして均一に増幅する。得られたRNAを逆転写して得た1本鎖DNAをエマルジョンPCRに供して、454シークエンサで解析。
産出データ
(ダウンロード)
MboI, FatI, Tsp509Iで調製した鋳型に由来する約100万リード
XMLデータ -
研究論文・特許出願・
学術発表など
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PUBLICATION ID:207
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 第28回日本分子生物学会年会
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2005-12-07
TITLE: HM-PCR法による網羅的DNAメチル化解析
STATUS: Un-setting
AUTHOR NAME: 山田洋一1, 橋本洋一2, 村本健一郎1, 伊藤隆司3
AUTHOR AFFILIATION: 1 金大・工, 2 インテックW&G, 3 東大・新領域

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PUBLICATION ID:208
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 第28回日本分子生物学会年会
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2005-12-07
TITLE: メチル化依存性酵母1ハイブリッドシステムによるcDNAライブラリースクリーニング
STATUS: Un-setting
AUTHOR NAME: 馮 疏影、太田一寿、伊藤隆司
AUTHOR AFFILIATION: 東大・新領域・情報生命

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PUBLICATION ID:2012
PUBLICATION TYPE: journal
PUBLICATION NAME: DNA Research
ARTICLE TITLE: An evolutionary scenario for genomic imprinting of Impact lying between nonimprinted neighbors.
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2004-12-31
TITLE: An evolutionary scenario for genomic imprinting of Impact lying between nonimprinted neighbors.
STATUS: Published
AUTHOR NAME: Okamura K, Yamada Y, Sakaki Y, Ito T.
AUTHOR AFFILIATION: University of Tokyo; Kanazawa University

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:2013
PUBLICATION TYPE: journal
PUBLICATION NAME: DNA Research
ARTICLE TITLE: Diverse DNA methylation statuses at alternative promoters of human genes in various tissues.
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2006-08-31
TITLE: Diverse DNA methylation statuses at alternative promoters of human genes in various tissues.
STATUS: Published
AUTHOR NAME: Cheong J, Yamada Y, Yamashita R, Irie T, Kanai A, Wakaguri H, Nakai K, Ito T, Saito I, Sugano S, Suzuki Y.
AUTHOR AFFILIATION: University of Tokyo; Kanazawa University

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PUBLICATION ID:2014
PUBLICATION TYPE: journal
PUBLICATION NAME: DNA Sequence
ARTICLE TITLE: A comprehensive analysis of allelic methylation status of CpG islands on human chromosome 11q: comparison with chromosome 21q.
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2006-08-17
TITLE: A comprehensive analysis of allelic methylation status of CpG islands on human chromosome 11q: comparison with chromosome 21q.
STATUS: Published
AUTHOR NAME: Yamada Y, Shirakawa T, Taylor TD, Okamura K, Soejima H, Uchiyama M, Iwasaka T, Mukai T, Muramoto K, Sakaki Y, Ito T.
AUTHOR AFFILIATION: Kanazawa University; University of Tokyo; RIKEN; Saga University

その他
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