ゲノムネットワークプロジェクト

次世代ゲノム解析技術の開発
研究課題 メチル化ボディマップと蛋白質DNA相互作用情報の統合
研究期間 平成16年度〜17年度
研究課題代表者 伊藤 隆司
所属機関 東京大学大学院新領域創成科学研究科
研究目的 標準的タンパク質DNA相互作用情報に基づいて、個々の細胞や組織における個別 的転写ネットワーク構造を推定するには、発現している転写因子のレパートリーのみならず、標的遺伝子群のメチル化状態およびメチル化が各転写因子のアクセスに対して与える影響を知らねばならない。そのために必要な技術の開発を行う。
研究概要 標的配列のメチル化状態を知る技術であるHM-PCRを高度化し、各組織細胞におけるメチル化状態を表すボディマップ作製の技術基盤を確立する。またメチル化が各転写因子のアクセスに与える影響を知るために、メチル化依存性酵母1ハイブリッドシステム(MY1H)を確立する。
研究成果 HM-PCRおよびMY1Hという研究課題代表者独自の技術の高度化を進めた。前者に関しては微量化と実験解析支援システム開発を達成した。後者に関してはデュアルベイト方式による第3世代システムを開発した。これらの成果によりDNAメチル化を考慮したゲノムネットワーク解析の為の技術基盤が提供された。
データ種別 -
対象生物 -
組織・細胞株 -
対象遺伝子 -
実験情報 -
産出データ
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研究論文・特許出願・
学術発表など
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PUBLICATION ID:207
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 第28回日本分子生物学会年会
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2005-12-07
TITLE: HM-PCR法による網羅的DNAメチル化解析
STATUS: Un-setting
AUTHOR NAME: 山田洋一1, 橋本洋一2, 村本健一郎1, 伊藤隆司3
AUTHOR AFFILIATION: 1 金大・工, 2 インテックW&G, 3 東大・新領域

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PUBLICATION ID:208
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 第28回日本分子生物学会年会
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2005-12-07
TITLE: メチル化依存性酵母1ハイブリッドシステムによるcDNAライブラリースクリーニング
STATUS: Un-setting
AUTHOR NAME: 馮 疏影、太田一寿、伊藤隆司
AUTHOR AFFILIATION: 東大・新領域・情報生命

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PUBLICATION ID:2012
PUBLICATION TYPE: journal
PUBLICATION NAME: DNA Research
ARTICLE TITLE: An evolutionary scenario for genomic imprinting of Impact lying between nonimprinted neighbors.
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2004-12-31
TITLE: An evolutionary scenario for genomic imprinting of Impact lying between nonimprinted neighbors.
STATUS: Published
AUTHOR NAME: Okamura K, Yamada Y, Sakaki Y, Ito T.
AUTHOR AFFILIATION: University of Tokyo; Kanazawa University

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:2013
PUBLICATION TYPE: journal
PUBLICATION NAME: DNA Research
ARTICLE TITLE: Diverse DNA methylation statuses at alternative promoters of human genes in various tissues.
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2006-08-31
TITLE: Diverse DNA methylation statuses at alternative promoters of human genes in various tissues.
STATUS: Published
AUTHOR NAME: Cheong J, Yamada Y, Yamashita R, Irie T, Kanai A, Wakaguri H, Nakai K, Ito T, Saito I, Sugano S, Suzuki Y.
AUTHOR AFFILIATION: University of Tokyo; Kanazawa University

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:2014
PUBLICATION TYPE: journal
PUBLICATION NAME: DNA Sequence
ARTICLE TITLE: A comprehensive analysis of allelic methylation status of CpG islands on human chromosome 11q: comparison with chromosome 21q.
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2006-08-17
TITLE: A comprehensive analysis of allelic methylation status of CpG islands on human chromosome 11q: comparison with chromosome 21q.
STATUS: Published
AUTHOR NAME: Yamada Y, Shirakawa T, Taylor TD, Okamura K, Soejima H, Uchiyama M, Iwasaka T, Mukai T, Muramoto K, Sakaki Y, Ito T.
AUTHOR AFFILIATION: Kanazawa University; University of Tokyo; RIKEN; Saga University

その他
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