ゲノムネットワークプロジェクト

動的ネットワーク解析技術開発
研究課題 脂肪細胞・骨芽細胞分化ネットワークの再構成と特性解析
研究期間 平成19年度〜20年度
研究課題代表者 松田 秀雄
所属機関 大阪大学大学院情報科学研究科
研究目的 脂肪細胞と骨芽細胞への分化過程における統合的な転写制御ネットワークの解明を目指して、両細胞への分化過程間でのクロストークの遺伝子を探索するとともに、その遺伝子周辺の転写制御ネットワークのさらなる高精度化を行ってネットワークの詳細な特性を明らかにしていく事を目的とする。
研究概要 縦軸研究である脂肪細胞・骨芽細胞分化過程の解析研究と連携して、情報科学的なネットワーク解析と解析結果の実験的な検証を、同一プロジェクト内で同時並行的に行う。
研究成果 研究分担機関である埼玉医科大学で、マウス間葉系幹細胞を各方向に分化させた細胞サンプルを特に分化初期について短い間隔でRNAを取りマイクロアレイ実験を行うことで、非常に高精細度の時間分解能の遺伝子発現プロフィールを取得した。このデータをもとに、大阪大学で転写制御ネットワーク推定の対象とする候補遺伝子を選定して、脂肪細胞・骨芽細胞分化の各過程でのネットワークの推定を行うことで、それぞれの分化に関与する新規の転写因子候補が得られつつある。さらに、両者のネットワークのクロストークに関与する遺伝子を探索する手法を開発する。
データ種別 Micro array data(Affymetrix)
対象生物 マウス
組織・細胞株 骨髄由来間葉系幹細胞ST2
対象遺伝子 Pax8 ,C1qdc2 ,Sp4 ,S3-12 ,C/EBPa ,C/EBPb ,Pparg ,Sp7 ,Fabp4
,Slc2a4 ,Id4 ,Cd36 ,Runx2 ,Smad4 ,Msx2 ,Bglap
実験情報 Microarray
アレイ名称:Affymetrix U133 Plus 2.0, Affymetrix GeneChip Mouse Genome 420 2.0 arrays
・ST2細胞を脂肪、骨芽細胞分化誘導後、詳細なタイムコースでサンプリングしたサンプルについて、
発現アレイ解析を行った。
・ST2細胞において、Pax8, C1qdc2, Sp4, S3-12, C/EBPa, C/EBPbをsiRNAでノックダウン後、
脂肪細胞分化または骨芽細胞分化させたサンプルについて、発現アレイ解析を行った。
産出データ
(ダウンロード)
・マウスST2細胞の脂肪、骨芽細胞分化過程の詳細な発現プロファイル
・マウスST2細胞においてPax8, C1qdc2, Sp4, S3-12, C/EBPa, C/EBPbをsiRNAでノックダウン後、脂肪細胞分化または骨芽細胞分化させたサンプルについての発現アレイデータ
XMLデータ -
研究論文・特許出願・
学術発表など
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PUBLICATION ID:1530
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: Genome Informatics
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2007-12-04
TITLE: GO based Tissue Specific Functions of Mouse using Countable Gene Expression Profiles
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: Yoichi Takenaka, Akiko Matsumoto, Hideo Matsuda
AUTHOR AFFILIATION: Osaka University

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PUBLICATION ID:1531
PUBLICATION TYPE: journal
PUBLICATION NAME: 情報科学技術レターズ, 3:23-24
ARTICLE TITLE: 遺伝子の機能分類を利用した遺伝子制御ネットワーク推定手法
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2004-09-09
TITLE: 遺伝子の機能分類を利用した遺伝子制御ネットワーク推定手法
STATUS: Published
AUTHOR NAME: 瀧浩平1、寺元礼仁2、竹中要一1、松田秀雄1
AUTHOR AFFILIATION: 1 大阪大学、2 住友製薬

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1532
PUBLICATION TYPE: journal
PUBLICATION NAME: 情報処理学会論文誌:数理モデル化と応用、47:118-128
ARTICLE TITLE: 遺伝子発現プロファイルを用いた遺伝子制御ネットワーク推定のためのバイクラスタリングの利用
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2006-10-01
TITLE: 遺伝子発現プロファイルを用いた遺伝子制御ネットワーク推定のためのバイクラスタリングの利用
STATUS: Published
AUTHOR NAME: 瀧浩平、竹中要一、松田秀雄
AUTHOR AFFILIATION: 大阪大学大学院情報科学研究科

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1533
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: World Congress on Medical Physics and Biomedical Engineering
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2006-08-30
TITLE: Inference of transcriptional regulatory networks using CAGE transcriptome dataset of Mus musculus
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: Kohei Taki, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
AUTHOR AFFILIATION: Osaka University

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1534
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: World Congress on Medical Physics and Biomedical Engineering
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2006-08-30
TITLE: A method for exploring tissue-specific functions based on information content of Gene Ontology terms using CAGE tags
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: Sami Maekawa, Atsuko Matsumoto, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
AUTHOR AFFILIATION: Osaka University

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PUBLICATION ID:1535
PUBLICATION TYPE: journal
PUBLICATION NAME: Medical and Biological Engineering and Computing, 45(11):1029-1036
ARTICLE TITLE: Tissue-specific functions based on information content of gene ontology using cap analysis gene expression
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2007-11-01
TITLE: Tissue-specific functions based on information content of gene ontology using cap analysis gene expression
STATUS: Published
AUTHOR NAME: Sami Maekawa 1, Atsuko Matsumoto 2, Yoichi Takenaka 1, Hideo Matsuda 1
AUTHOR AFFILIATION: 1 Osaka University, 2 JASTEC Co., Ltd.

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1536
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 日本分子生物学会第30回大会
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2007-12-11
TITLE: グラフ構造を用いた組織特異的な選択的スプライシングの解析手法
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: 瀬尾茂人,竹中要一,松田秀雄
AUTHOR AFFILIATION: 大阪大学

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1625
PUBLICATION TYPE: journal
PUBLICATION NAME: PLoS Genetics, 2(4):578-586
ARTICLE TITLE: A method for similarity search of genomic positional expression using CAGE
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2006-04-01
TITLE: A method for similarity search of genomic positional expression using CAGE
STATUS: Published
AUTHOR NAME: Shigeto Seno 1, Yoichi Takenaka 1, Chikatoshi Kai 2, Jun Kawai 2,3, Piero Carninci 2,3, Yoshihide Hayashizaki 2,3, Hideo Matsuda 1
AUTHOR AFFILIATION: 1 Department of Bioinformatic Engineering, Graduate School of Information Science and Technology, Osaka University; 2 Genome Exploration Research Group, RIKEN Genomic Sciences Center, RIKEN Yokohama Institute; 3 Genome Science Laboratory, Discovery Research Institute, RIKEN Wako Institute

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PUBLICATION ID:1626
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会 合同大会
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2008-12-12
TITLE: 脂肪細胞・骨芽細胞分化における遺伝子制御ネットワークの推定
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: 松田秀雄1、竹中要一1、水野洋介2、瀬尾茂人1、徳澤佳美2、仲地豊2、坊農秀雅2、岡崎康司2
AUTHOR AFFILIATION: 1 大阪大学大学院情報科学研究科バイオ情報工学専攻, 2 埼玉医科大学ゲノム医学研究センターゲノム科学部門

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1921
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: The 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008)
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2008-12-15
TITLE: A Method for Analysis of Tissue-Specific Transcriptional Control Using Distributions of Transcription Starting Sites
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: Mitsuru Jikeya, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
AUTHOR AFFILIATION: Graduate School of Information Science and Technology, Osaka University

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1922
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: The 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008)
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2008-12-16
TITLE: The Validity Evaluation of Gene Regulatory Network Motifs Based on Differential Equation Model
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: Reiji Ohsugi, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
AUTHOR AFFILIATION: Graduate School of Information Science and Technology, Osaka University

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PUBLICATION ID:1923
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 16th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2008)
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2008-07-20
TITLE: A Clustering Method for Expression Patterns of Transcription Starting Sites
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: Mitsuru Jikeya, Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
AUTHOR AFFILIATION: Graduate School of Information Science and Technology, Osaka University

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1924
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 16th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2008)
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2008-07-21
TITLE: Tissue Specificity Measured by Differences in Information Content between Target Tissue and Whole Tissue
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
AUTHOR AFFILIATION: Graduate School of Information Science and Technology, Osaka University

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1925
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 16th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2008)
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2008-07-21
TITLE: A Method for Analysis of Tissue-Specific Alternative Transcripts using CAGE Tags
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: Shigeto Seno, Yoichi Takenaka, Hideo Matsuda
AUTHOR AFFILIATION: Graduate School of Information Science and Technology, Osaka University

------------------------------ PUBLICATION ------------------------------
PUBLICATION ID:1926
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 日本分子生物学会第8回春季シンポジウム
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2008-05-26
TITLE: CAGE発現プロファイルを用いた転写開始点の発現パターンのクラスタリング手法
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: 寺家谷満, 瀬尾茂人, 竹中要一, 松田秀雄
AUTHOR AFFILIATION: 大阪大学大学院情報科学研究科

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PUBLICATION ID:1927
PUBLICATION TYPE: Conference
PUBLICATION NAME: 第5回ゲノムネットワークプロジェクト公開シンポジウム
ARTICLE TITLE:
SUBMIT DATE:
ACCEPT DATE:
PUBLICATION DATE: 2009-01-16
TITLE: 脂肪細胞・骨芽細胞の分化を制御する遺伝子ネットワークの推定
STATUS: Presented
AUTHOR NAME: 松田秀雄 1、竹中要一 1、瀬尾茂人 1、岡崎康司 2、水野洋介 2、徳澤佳美 2、仲地豊 2、坊農秀雅 2
AUTHOR AFFILIATION: 1 大阪大学大学院情報科学研究科、2 埼玉医科大学ゲノム医学研究センター

その他
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